Dies ist der Befehl gmx-distance, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-distance – Berechnet Abstände zwischen Positionspaaren
ZUSAMMENFASSUNG
GMX-Distanz [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>]] [-oall [<.xvg>]] [-oxyz [<.xvg>]]
[-Oh [<.xvg>]] [-oallstat [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-Sie ] [-xvg ]
[-[no]rmpbc] [-[nein]pbc] [-sf ] [-selrpos ]
[-seltyp ] [-auswählen ] [-len ]
[-Tol ] [-binw ]
BESCHREIBUNG
gmx Abstand berechnet Abstände zwischen Positionspaaren als Funktion der Zeit. Jede
Die Auswahl gibt einen unabhängigen Satz von Entfernungen an, die berechnet werden sollen. Jede Auswahl sollte
bestehen aus Positionspaaren und die Abstände werden zwischen den Positionen 1-2, 3-4,
usw.
-oav schreibt für jede Auswahl die durchschnittliche Entfernung als Funktion der Zeit. -oall schreibt
alle einzelnen Entfernungen. -oxyz macht das Gleiche, aber die x-, y- und z-Komponenten von
Anstelle der Norm wird der Abstand angegeben. -Oh schreibt ein Histogramm der Entfernungen für
jede Auswahl. Der Ort des Histogramms wird mit festgelegt -len sowie -Tol. Die Bin-Breite ist eingestellt
mit -binw. -oallstat schreibt den Durchschnitt und die Standardabweichung für jede Person aus
Distanz, berechnet über die Frames.
Beachten Sie, dass gmx Abstand berechnet Abstände zwischen festen Paaren (1-2, 3-4 usw.) innerhalb von a
Einzelauswahl. Um Abstände zwischen zwei Auswahlen zu berechnen, einschließlich des Mindestabstands,
maximale und paarweise Abstände verwenden gmx Paardist.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Optional)
Eingabetrajektorie oder Einzelkonfiguration: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optional)
Eingabestruktur: tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Zusätzliche Indexgruppen
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-oav [<.xvg>] (distave.xvg) (Optional)
Durchschnittliche Entfernungen als Funktion der Zeit
-oall [<.xvg>] (dist.xvg) (Optional)
Alle Entfernungen als Funktion der Zeit
-oxyz [<.xvg>] (distxyz.xvg) (Optional)
Distanzkomponenten als Funktion der Zeit
-Oh [<.xvg>] (disthist.xvg) (Optional)
Histogramm der Entfernungen
-oallstat [<.xvg>] (diststat.xvg) (Optional)
Statistiken für einzelne Distanzen
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt == erstes Mal (ps)
-Sie (ps)
Einheit für Zeitwerte: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (Xmgrace)
Plotformatierung: keine, xmgrace, xmgr
-[no]rmpbc (Ja)
Machen Sie die Moleküle für jeden Frame ganz
-[nein]pbc (Ja)
Periodische Randbedingungen zur Entfernungsberechnung verwenden
-sf
Auswahl aus Dateien bereitstellen
-selrpos (Atom)
Auswahl Referenzpositionen: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
ganz_res_com, ganz_res_cog, ganz_mol_com, ganz_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-seltyp (Atom)
Ausgangspositionen für die Standardauswahl: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
ganz_res_com, ganz_res_cog, ganz_mol_com, ganz_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-auswählen
Positionspaare zur Berechnung von Entfernungen
-len (0.1)
Mittlerer Abstand für die Histogrammerstellung
-Tol (1)
Breite der Vollverteilung als Bruchteil von -len
-binw (0.001)
Bin-Breite für die Histogrammerstellung
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