gmx-editconf – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-editconf – Strukturdateien konvertieren und manipulieren

ZUSAMMENFASSUNG

gmx editconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-Met [<.pqr>]] [-[jetzt]
[-[no]ndef] [-bt ] [-Box ]
[-Winkel ] [-d ] [-[nein]c]
[-Center ] [-im Zentrum anordnen ]
[-ausrichten ] [-Übersetzen ]
[-drehen ] [-[no]princ] [-Rahmen ]
[-Dichte ] [-[nein]pbc] [-resnr ] [-[kein]Begreifen]
[-rvdw ] [-[no]sig56] [-[no]vdwread] [-[kein]Atom]
[-[keine]Legende] [-Etikett ] [-[keine]Verbindung]

BESCHREIBUNG

gmx editconf Konvertiert das generische Strukturformat in .gro, .g96 or .pdb.

Die Box kann mit Optionen modifiziert werden -Box, -d und -Winkel. Beide -Box und -d wird zentriert
das System in der Box, es sei denn -nr wird eingesetzt.

Option -bt bestimmt den Boxtyp: triklinik ist eine triklinische Box, kubisch ist ein Rechteck
Kasten, bei dem alle Seiten gleich sind Dodekaeder stellt ein rhombisches Dodekaeder dar und Oktaeder is
ein abgestumpftes Oktaeder. Die letzten beiden sind Sonderfälle einer triklinen Box. Die Länge von
Die drei Kastenvektoren des Oktaederstumpfes sind der kürzeste Abstand zwischen zwei
gegenüberliegende Sechsecke. Relativ zu einem kubischen Kasten mit einem gewissen periodischen Bildabstand, dem Volumen
eines Dodekaeders mit demselben periodischen Abstand ist 0.71-mal so groß wie der des Würfels, und
die eines Oktaederstumpfes beträgt das 0.77-fache.

Option -Box erfordert nur einen Wert für ein kubisches, rhombisches Dodekaeder oder abgestumpftes
oktaedrische Box.

Mit -d und einem triklinik Box die Größe des Systems in der x-, y-, und z-Wegbeschreibung ist
Gebraucht. Mit -d und kubisch, Dodekaeder or Oktaeder Felder werden die Abmessungen auf die eingestellt
Durchmesser des Systems (größter Abstand zwischen Atomen) plus das Doppelte des angegebenen Abstands.

Option -Winkel ist nur mit Option sinnvoll -Box und einer triklinischen Box und kann nicht verwendet werden
mit Option -d.

Wann -n or -ndef eingestellt ist, kann eine Gruppe zur Berechnung der Größe und der Größe ausgewählt werden
geometrischer Mittelpunkt, andernfalls wird das gesamte System verwendet.

-drehen rotiert die Koordinaten und Geschwindigkeiten.

-Prinz Richtet die Hauptachsen des Systems entlang der Koordinatenachsen aus, mit der längsten
Achse ausgerichtet mit der x-Achse. Dadurch können Sie möglicherweise die Lautstärke der Box verringern, aber seien Sie vorsichtig
dass sich Moleküle innerhalb einer Nanosekunde erheblich drehen können.

Die Skalierung wird angewendet, bevor andere Vorgänge ausgeführt werden. Kästchen und Koordinaten
kann auf eine bestimmte Dichte skaliert werden (Option). -Dichte). Beachten Sie, dass dies der Fall sein kann
ungenau im Fall a .gro Datei wird als Eingabe angegeben. Eine Besonderheit der Skalierungsmöglichkeit
ist, dass man bei Angabe des Faktors -1 in einer Dimension ein Spiegelbild, gespiegelt, erhält
in einem der Flugzeuge. Wenn man -1 in drei Dimensionen verwendet, entsteht ein Punktspiegelbild
erhalten.

Gruppen werden ausgewählt, nachdem alle Vorgänge angewendet wurden.

Periodizität kann auf grobe Weise entfernt werden. Es ist wichtig, dass die Boxvektoren an der
Die Angaben am Ende Ihrer Eingabedatei sind korrekt, wenn die Periodizität entfernt werden soll.

Beim Schreiben .pdb Dateien können B-Faktoren mit hinzugefügt werden -bf Möglichkeit. B-Faktoren werden gelesen
aus einer Datei mit folgendem Format: Die erste Zeile gibt die Anzahl der Einträge in der Datei an.
In den nächsten Zeilen wird ein Index angegeben, gefolgt von einem B-Faktor. Die B-Faktoren werden pro beigefügt
Rest, es sei denn, ein Index ist größer als die Anzahl der Reste oder es sei denn, der -Atom zu erhalten
eingestellt ist. Offensichtlich kann anstelle von B-Faktoren jede Art von numerischen Daten hinzugefügt werden. -Legende
wird eine Reihe von CA-Atomen mit B-Faktoren erzeugen, die vom Minimum bis zum Maximum reichen
Wert gefunden, wodurch effektiv eine Legende für die Anzeige erstellt wird.

Mit der Option -Met eine besondere .pdb (.pqr)-Datei für das MEAD-Elektrostatikprogramm
(Poisson-Boltzmann-Löser) erstellt werden. Eine weitere Voraussetzung ist, dass es sich bei der Eingabedatei um eine
Eingabedatei ausführen. Das B-Faktor-Feld wird dann mit dem Van-der-Waals-Radius des gefüllt
Atome, während das Besetzungsfeld die Ladung hält.

Die Option -fassen ist ähnlich, aber es setzt die Ladungen in den B-Faktor und den Radius ein
die Belegung.

Option -ausrichten ermöglicht die Ausrichtung der Hauptachse einer bestimmten Gruppe an der
gegebener Vektor, mit einem optionalen Rotationszentrum, das durch angegeben wird -im Zentrum anordnen.

Endlich mit Option -Etikett, editconf kann eine Kettenkennung zu a hinzufügen .pdb Datei, die kann
nützlich sein für die Analyse z. B. mit Rasmol.

Um eine abgeschnittene Oktaederdatei zu konvertieren, die von einem Paket erstellt wurde, das eine kubische Box mit verwendet
Für die abgeschnittenen Ecken (z. B. GROMOS) verwenden Sie:

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

woher veclen ist die Größe der Kubikbox mal sqrt(3)/2.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Strukturdatei: gro g96 pdb brk ent insb tpr

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei

-bf [<.dat>] (bfact.dat) (Optional)
Generische Datendatei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-o [<.gro/.g96/...>] (aus.gro) (Optional)
Strukturdatei: gro g96 pdb brk ent insb

-Met [<.pqr>] (mead.pqr) (Optional)
Koordinatendatei für MEAD

Andere Optionen:

-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien

-[no]ndef (Nein)
Wählen Sie die Ausgabe aus Standardindexgruppen

-bt (Triklin)
Boxtyp für -Box und -d: triklin, kubisch, Dodekaeder, Oktaeder

-Box (0 0 0)
Boxvektorlängen (a,b,c)

-Winkel (90 90 90)
Winkel zwischen den Boxvektoren (bc,ac,ab)

-d (0)
Abstand zwischen dem gelösten Stoff und der Box

-[nein]c (Nein)
Mittelmolekül im Kasten (impliziert durch -Box und -d)

-Center (0 0 0)
Koordinaten des geometrischen Mittelpunkts

-im Zentrum anordnen (0 0 0)
Drehzentrum zur Ausrichtung

-ausrichten (0 0 0)
Am Zielvektor ausrichten

-Übersetzen (0 0 0)
Übersetzungen

-drehen (0 0 0)
Drehung um die X-, Y- und Z-Achse in Grad

-[no]princ (Nein)
Richten Sie die Moleküle entlang ihrer Hauptachsen aus

-Rahmen (1 1 1)
Vergößerungsfaktor, Verkleinerungsfaktor

-Dichte (1000)
Durch Skalierung erreichte Dichte (g/L) der Ausgabebox

-[nein]pbc (Nein)
Entfernen Sie die Periodizität (machen Sie das Molekül wieder ganz)

-resnr (-1)
Nummerieren Sie die Reste neu, beginnend mit der Resnr

-[kein]Begreifen (Nein)
Speichern Sie die Ladung des Atoms im B-Faktor-Feld und den Radius des Atoms darin
das Belegungsfeld

-rvdw (0.12)
Standardmäßiger Van-der-Waals-Radius (in nm), wenn einer nicht in der Datenbank gefunden werden kann oder wenn
In der Topologiedatei sind keine Parameter vorhanden

-[no]sig56 (Nein)
Verwenden Sie rmin/2 (Minimum im Van-der-Waals-Potenzial) anstelle von Sigma/2

-[no]vdwread (Nein)
Lesen Sie die Van-der-Waals-Radien aus der Datei ab vdwradii.dat anstatt die zu berechnen
Radien basierend auf dem Kraftfeld

-[kein]Atom (Nein)
Erzwinge die Bindung des B-Faktors pro Atom

-[keine]Legende (Nein)
Erstellen Sie eine B-Faktor-Legende

-Etikett (A)
Kettenetikett für alle Rückstände hinzufügen

-[keine]Verbindung (Nein)
Fügen Sie CONECT-Datensätze zu a hinzu .pdb Datei beim Schreiben. Dies ist nur möglich, wenn eine Topologie vorhanden ist
Gegenwart

BEKANNT PROBLEME

· Bei komplexen Molekülen kann die Routine zur Periodizitätsentfernung ausfallen, in diesem Fall Sie
verwenden können, gmx trjconv.

Verwenden Sie gmx-editconf online über die Dienste von onworks.net