Dies ist der Befehl gmx-freevolume, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-freevolume – Freies Volumen berechnen
ZUSAMMENFASSUNG
gmx freevolume [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-Sie ] [-xvg ] [-[no]rmpbc]
[-sf ] [-selrpos ] [-auswählen ]
[-Radius ] [-Samen ] [-neinfügen ]
BESCHREIBUNG
gmx Freevolume berechnet das freie Volumen in einer Box als Funktion der Zeit. Das freie Volumen
wird als Bruchteil des Gesamtvolumens aufgetragen. Das Programm versucht, eine Sonde mit einem einzufügen
Geben Sie den gegebenen Radius in das Simulationsfeld ein und geben Sie den Abstand zwischen der Sonde und einem beliebigen Atom an
kleiner ist als die Summe der Van-der-Waals-Radien beider Atome, wird die Position berücksichtigt
besetzt sein, also nicht frei. Bei Verwendung eines Sondenradius von 0 beträgt das tatsächliche freie Volumen
berechnet. Durch die Verwendung eines größeren Radius, z. B. 0.14 nm, entspricht dies in etwa einem Wasser
Molekül wird das freie Volumen für ein hypothetisches Teilchen dieser Größe erzeugt.
Beachten Sie jedoch, dass diese Zahlen sehr hoch sind, da Atome als harte Kugeln behandelt werden
ungefähr, und normalerweise sind nur relative Änderungen sinnvoll, beispielsweise durch Ausführen von a
Reihe von Simulationen bei unterschiedlichen Temperaturen.
Die durch die Auswahl angegebene Gruppe gilt als Abgrenzung des nicht freien Volumens. Der
Die Anzahl der Einfügungen pro Volumeneinheit ist wichtig, um ein konvergentes Ergebnis zu erhalten. Um
1000/nm^3 ergibt eine Gesamtstandardabweichung, die durch die Schwankungen in bestimmt wird
die Flugbahn und nicht durch die Schwankungen aufgrund der Zufallszahlen.
Die Ergebnisse hängen entscheidend von den Van-der-Waals-Radien ab; Wir empfehlen die Verwendung von
Werte aufgrund von Bondi (1964).
Das Fractional Free Volume (FFV), das manche Autoren gerne verwenden, wird mit 1 - 1.3*(1-Free angegeben
Volumen). Dieser Wert wird auf dem Terminal ausgedruckt.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Optional)
Eingabetrajektorie oder Einzelkonfiguration: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optional)
Eingabestruktur: tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Zusätzliche Indexgruppen
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.xvg>] (freevolume.xvg) (Optional)
Berechnetes freies Volumen
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt == erstes Mal (ps)
-Sie (ps)
Einheit für Zeitwerte: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (Xmgrace)
Plotformatierung: keine, xmgrace, xmgr
-[no]rmpbc (Ja)
Machen Sie die Moleküle für jeden Frame ganz
-sf
Auswahl aus Dateien bereitstellen
-selrpos (Atom)
Auswahl Referenzpositionen: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
ganz_res_com, ganz_res_cog, ganz_mol_com, ganz_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-auswählen
Atome, die als Teil des ausgeschlossenen Volumens betrachtet werden
-Radius (0)
Radius der einzuführenden Sonde (nm, 0 ergibt das wahre freie Volumen)
-Samen (-1)
Seed für Zufallszahlengenerator.
-neinfügen (1000)
Anzahl der Sondeneinfügungen pro Kubiknm, die für jeden Frame in der Flugbahn versucht werden sollen.
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