Dies ist der Befehl gmx-genion, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-genion - Generiere monoatomare Ionen an energetisch günstigen Positionen
ZUSAMMENFASSUNG
gmx genion [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-np ] [-pname ]
[-pq ] [-nn ] [-nname ] [-nq ]
[-min ] [-Samen ] [-konz ] [-[nein]neutral]
BESCHREIBUNG
gmx Generation ersetzt zufällig Lösungsmittelmoleküle durch monoatomare Ionen. Die Gruppe der Lösungsmittel
Moleküle sollten kontinuierlich sein und alle Moleküle sollten die gleiche Anzahl von Atomen haben.
Der Benutzer sollte die Ionenmoleküle zur Topologiedatei hinzufügen oder die -p Option zu
die Topologie automatisch ändern.
Der Ionenmolekültyp, die Rest- und Atomnamen in allen Kraftfeldern werden großgeschrieben
Elementnamen ohne Vorzeichen. Dieser Molekülname sollte mit . angegeben werden -pname or -nname und
[Moleküle] Abschnitt Ihrer Topologie entsprechend aktualisiert, entweder von Hand oder mit -p.
Verwenden Sie stattdessen keinen Atomnamen!
Ionen, die mehrere Ladungszustände haben können, bekommen die Multiplizität ohne Vorzeichen addiert für
nur die ungewöhnlichen Zustände.
Für größere Ionen, zB Sulfat empfehlen wir die Verwendung von gmx Insert-Moleküle.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Eingabe-/Ausgabedateien:
-p [<.top>] (topol.top) (Optional)
Topologiedatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.gro/.g96/...>] (aus.gro)
Strukturdatei: gro g96 pdb brk ent insb
Andere Optionen:
-np (0)
Anzahl positiver Ionen
-pname (N / A)
Name des positiven Ions
-pq (1)
Ladung des positiven Ions
-nn (0)
Anzahl negativer Ionen
-nname (CL)
Name des negativen Ions
-nq (-1)
Ladung des negativen Ions
-min (0.6)
Mindestabstand zwischen Ionen
-Samen (1993)
Seed für Zufallszahlengenerator
-konz (0)
Salzkonzentration angeben (mol/Liter). Dadurch werden genügend Ionen hinzugefügt, um nach oben zu gelangen
auf die angegebene Konzentration berechnet aus dem Volumen der Zelle in der Eingabe
.tpr Datei. Überschreibt die -np und -nn Optionen.
-[nein]neutral (Nein)
Diese Option fügt genügend Ionen hinzu, um das System zu neutralisieren. Diese Ionen werden hinzugefügt
Spitze der mit angegebenen -np/-nn or -konz.
BEKANNT PROBLEME
· Bei Angabe einer Salzkonzentration werden vorhandene Ionen nicht berücksichtigt. In Kraft
Sie geben daher die zuzugebende Salzmenge an.
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