gmx-rmsdist – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-rmsdist – Berechnen Sie die gemittelten Atompaarabstände mit der Potenz -2, -3 oder -6

ZUSAMMENFASSUNG

gmx rmsdist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-äquiv [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-rms [<.xpm>]]
[-skl [<.xpm>]] [-bedeuten [<.xpm>]] [-nmr3 [<.xpm>]]
[-nmr6 [<.xpm>]] [-kein E [<.dat>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[jetzt] [-xvg ] [-nStufen ]
[-max ] [-[nein]sumh] [-[nein]pbc]

BESCHREIBUNG

gmx rmsdist berechnet die quadratische mittlere Abweichung der Atomabstände, die Folgendes hat:
Der Vorteil besteht darin, dass keine Anpassung wie bei der berechneten Standard-RMS-Abweichung erforderlich ist gmx rms.
Die Referenzstruktur wird der Strukturdatei entnommen. Der RMSD zum Zeitpunkt t beträgt
berechnet als RMS der Abstandsunterschiede zwischen Atompaaren in der Referenz
Struktur und die Struktur zum Zeitpunkt t.

gmx rmsdist kann auch Matrizen der RMS-Abstände erstellen, wobei RMS-Abstände mit dem skaliert werden
mittlere Distanz und die mittleren Distanzen und Matrizen mit NMR-gemittelten Distanzen (1/r^3 und
1/r^6 Mittelung). Zum Schluss Listen von Atompaaren mit einem gemittelten Abstand von 1/r^3 und 1/r^6
unter dem maximalen Abstand (-max, der in diesem Fall standardmäßig 0.6 beträgt) kann sein
erzeugt, standardmäßig gemittelt über äquivalente Wasserstoffatome (alle genannten Wasserstofftripel).
*[123]). Zusätzlich kann eine Liste äquivalenter Atome bereitgestellt werden (-äquiv), jede Zeile
enthält einen Satz äquivalenter Atome, angegeben als Restnummer und -name sowie Atomname;
z.B:

HB* 3 SER HB1 3 SER HB2

Rest- und Atomnamen müssen genau mit denen in der Strukturdatei übereinstimmen, einschließlich Groß- und Kleinschreibung.
Die Angabe nicht aufeinanderfolgender Atome ist undefiniert.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei

-äquiv [<.dat>] (äquiv.dat) (Optional)
Generische Datendatei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-o [<.xvg>] (distrmsd.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-rms [<.xpm>] (rmsdist.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-skl [<.xpm>] (rmsscale.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-bedeuten [<.xpm>] (rmsmean.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-nmr3 [<.xpm>] (nmr3.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-nmr6 [<.xpm>] (nmr6.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei

-kein E [<.dat>] (noe.dat) (Optional)
Generische Datendatei

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)

-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

-nStufen (40)
Diskretisieren Sie RMS in dieser Anzahl von Ebenen

-max (-1)
Maximales Niveau in Matrizen

-[nein]sumh (Ja)
Durchschnittlicher Abstand über äquivalente Wasserstoffatome

-[nein]pbc (Ja)
Verwenden Sie bei der Berechnung von Entfernungen periodische Randbedingungen

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