gmx-trjorder – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-trjorder – Ordnen Sie Moleküle entsprechend ihrer Entfernung zu einer Gruppe

ZUSAMMENFASSUNG

gmx trjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-xvg ] [erstellt ]
[-in ] [-[kein COM] [-r ] [-[nein]z]

BESCHREIBUNG

gmx trjorder ordnet Moleküle nach dem kleinsten Abstand zu Atomen in einer Referenz
Gruppe oder auf Z-Koordinate (mit Option -z). Bei einer Fernbestellung wird nach einem gefragt
Gruppe von Referenzatomen und eine Gruppe von Molekülen. Für jeden Frame der Flugbahn die
Ausgewählte Moleküle werden entsprechend dem kürzesten Abstand zwischen den Atomen neu angeordnet
Anzahl -in im Molekül und allen Atomen in der Referenzgruppe. Der Schwerpunkt von
Durch Einstellen können die Moleküle anstelle eines Referenzatoms verwendet werden -in auf 0. Alle Atome in
Die Trajektorie wird in die Ausgabetrajektorie geschrieben.

gmx trjorder kann nützlich sein, um beispielsweise die n Gewässer zu analysieren, die einem Protein am nächsten liegen. Darin
In diesem Fall wäre die Referenzgruppe das Protein und die Gruppe der Moleküle würde daraus bestehen
alle Wasseratome. Wenn eine Indexgruppe der ersten n Gewässer erstellt wird, wird die geordnete
Die Trajektorie kann mit jedem GROMACS-Programm verwendet werden, um die n nächstgelegenen Gewässer zu analysieren.

Wenn es sich bei der Ausgabedatei um eine .pdb In der Datei wird die Entfernung zum Referenzziel gespeichert
das B-Faktor-Feld, um z. B. mit Rasmol zu färben.

Mit der Option -nshell die Anzahl der Moleküle innerhalb einer Radiusschale -r um die
Referenzgruppe werden gedruckt.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-o [<.xtc/.trr/...>] (bestellt.xtc) (Optional)
Flugbahn: xtc trr gro g96 pdb tng

-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

erstellt (3)
Anzahl der Atome in einem Molekül

-in (1)
Für die Entfernungsberechnung verwendetes Atom, 0 ist COM

-[kein COM (Nein)
Verwenden Sie den Abstand zum Massenschwerpunkt der Referenzgruppe

-r (0)
Grenzwert, der für die Abstandsberechnung bei der Berechnung der Anzahl der Moleküle verwendet wird
eine Hülle um zB ein Protein

-[nein]z (Nein)
Ordnen Sie Moleküle auf der Z-Koordinate

Nutzen Sie gmx-trjorder online über die Dienste von onworks.net