Dies ist der Befehl gmx-x2top, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-x2top – Generieren Sie eine primitive Topologie aus Koordinaten
ZUSAMMENFASSUNG
gmx x2top [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.top>]] [-r [<.rtp>]]
[-ff ] [-[nein]v] [-nexcl ] [-[nein]H14]
[-[no]alldih] [-[no]remdih] [-[keine] Paare] [-Name ]
[-[nein]pbc] [-[no]pdbq] [-[no]param] [-[nein]rund]
[-kb ] [-kt ] [-kp ]
BESCHREIBUNG
gmx x2top generiert eine primitive Topologie aus einer Koordinatendatei. Das Programm übernimmt alles
Wasserstoffe sind vorhanden, wenn die Hybridisierung anhand des Atomnamens und der Anzahl definiert wird
Fesseln. Das Programm kann auch eine erstellen .rtp Eintrag, den Sie dann hinzufügen können .rtp
Datenbank.
Wann -Param eingestellt ist, werden Gleichgewichtsabstände und -winkel sowie Kraftkonstanten ausgedruckt
in der Topologie für alle Interaktionen. Die Gleichgewichtsabstände und -winkel werden entnommen
Die Eingabekoordinaten und die Kraftkonstante werden mit Befehlszeilenoptionen festgelegt. Die Kraft
Felder, die derzeit einigermaßen unterstützt werden, sind:
G53a5 GROMOS96 53a5 Forcefield (offizieller Vertrieb)
oplsaa OPLS-AA/L All-Atom-Kraftfeld (2001 Aminosäure-Dieder)
Die entsprechenden Datendateien finden Sie im Bibliotheksverzeichnis mit Namen
Atomname2Typ.n2t. Weitere Informationen zu Dateiformaten finden Sie in Kapitel 5 des Handbuchs.
Standardmäßig ist die Kraftfeldauswahl interaktiv, Sie können jedoch die verwenden -ff Option zu
Geben Sie stattdessen einen der oben genannten Kurznamen in der Befehlszeile an. In diesem Fall gmx x2top
sucht einfach nach der entsprechenden Datei.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Strukturdatei: gro g96 pdb brk ent insb tpr
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.top>] (out.top) (Optional)
Topologiedatei
-r [<.rtp>] (out.rtp) (Optional)
Von pdb2gmx verwendete Rückstandstypdatei
Andere Optionen:
-ff (oplsaa)
Kraftfeld für Ihre Simulation. Geben Sie „select“ für die interaktive Auswahl ein.
-[nein]v (Nein)
Generieren Sie eine ausführliche Ausgabe in der obersten Datei.
-nexcl (3)
Anzahl der Ausschlüsse
-[nein]H14 (Ja)
Verwenden Sie die Wechselwirkungen des dritten Nachbarn für Wasserstoffatome
-[no]alldih (Nein)
Erzeugen Sie alle richtigen Dieder
-[no]remdih (Nein)
Entfernen Sie Dieder auf derselben Bindung wie eine unechte
-[keine] Paare (Ja)
Geben Sie 1–4 Interaktionen (Paare) in der Topologiedatei aus
-Name (EIS)
Name Ihres Moleküls
-[nein]pbc (Ja)
Verwenden Sie periodische Randbedingungen.
-[no]pdbq (Nein)
Verwenden Sie den in a angegebenen B-Faktor .pdb Datei für die Atomladungen
-[no]param (Ja)
Druckparameter in der Ausgabe
-[nein]rund (Ja)
Runden Sie die Messwerte ab
-kb (400000)
Bindungskraftkonstante (kJ/mol/nm^2)
-kt (400)
Winkelkraftkonstante (kJ/mol/rad^2)
-kp (5)
Kraftkonstante des Diederwinkels (kJ/mol/rad^2)
BEKANNT PROBLEME
· Die Auswahl des Atomtyps ist primitiv. Es werden praktisch keine chemischen Kenntnisse genutzt
· Periodische Randbedingungen verschlechtern die Haftung
· Es werden keine falschen Dieder erzeugt
· Die Übersetzungstabelle von Atomen zu Atomtypen ist unvollständig (Atomname2Typ.n2t Datei in das
Datenverzeichnis). Bitte verlängern Sie es und senden Sie die Ergebnisse an die GROMACS-Crew zurück.
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