gsnap – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gsnap – Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program

ZUSAMMENFASSUNG

gsnap [OPTIONAL...] <FASTA Datei>, or Katze | gmap [OPTIONEN...]

OPTIONAL

Eingang Optionen (muss das -d)
-D, --dir=Verzeichnis
Genomverzeichnis. Standard (wie angegeben durch --with-gmapdb zum Konfigurationsprogramm)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING
Genomdatenbank

--use-sarray=INT
Ob ein Suffix-Array verwendet werden soll, um die Geschwindigkeit zu erhöhen. Zulässige Werte: 0
(nein), 1 (ja, plus GSNAP/GMAP-Algorithmus, Standard) oder 2 (ja, und nur Suffix verwenden).
Array-Algorithmus). Beachten Sie, dass Suffix-Arrays eine Voreingenommenheit gegenüber SNP-Allelen in haben
SNP-tolerante Ausrichtung.

-k, --kmer=INT
kmer-Größe zur Verwendung in der Genomdatenbank (zulässige Werte: 16 oder weniger) Wenn nicht angegeben,
Das Programm findet die höchste verfügbare kmer-Größe in der Genomdatenbank

--Probenahme=INT
Probenahme zur Verwendung in der Genomdatenbank. Wenn nicht angegeben, findet das Programm die
kleinster verfügbarer Stichprobenwert in der Genomdatenbank innerhalb der ausgewählten k-mer-Größe

-q, --Teil=INT/INT
Verarbeiten Sie nur die i-te von jeweils n Sequenzen, z. B. 0/100 oder 99/100 (nützlich für
Verteilung von Jobs an eine Computerfarm).

--input-buffer-size=INT
Größe des Eingabepuffers (aus Effizienzgründen liest das Programm so viele Sequenzen gleichzeitig)
(Standardeinstellung 1000)

--barcode-länge=INT
Menge des Barcodes, der ab Beginn des Lesevorgangs entfernt werden soll (Standard 0)

--Orientierung=STRING
Ausrichtung von Paired-End-Lesevorgängen. Zulässige Werte: FR (fwd-rev oder typische Illumina;
Standard), RF (rev-fwd, für kreisförmige Einsätze) oder FF (fwd-fwd, gleicher Strang)

--fastq-id-start=INT
Startposition des Bezeichners im FASTQ-Header, durch Leerzeichen getrennt (>= 1)

--fastq-id-end=INT
Endposition des Bezeichners im FASTQ-Header, durch Leerzeichen getrennt (>= 1)

Beispiele:

@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1
start=1, end=1 (Standard) => Bezeichner ist HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0

@SRR001666.1 071112_SLXA-EAS1_s_7:5:1:817:345 length=36
start=1, end=1 => Bezeichner ist SRR001666.1 start=2, end=2 => Bezeichner ist
071112_SLXA-EAS1_s_7:5:1:817:345 start=1, end=2 => Bezeichner ist SRR001666.1
071112_SLXA-EAS1_s_7:5:1:817:345

--force-single-end
Wenn mehrere FASTQ-Dateien in der Befehlszeile bereitgestellt werden, geht GSNAP davon aus, dass dies der Fall ist
passende Paired-End-Dateien. Dieses Flag behandelt jede Datei als Single-End.

--filter-chastity=STRING
Überspringt Lesungen, die durch das Illumina-Keuschheitsprogramm gekennzeichnet sind. Erwarte eine Zeichenfolge nach dem
Beitritt mit einem „Y“ nach dem ersten Doppelpunkt, etwa so:

@accession 1:Y:0:CTTGTA
wobei das „Y“ die Filterung durch Keuschheit bedeutet. Werte: aus (Standard), entweder,
beide. Bei „entweder“ wird ein „Y“ an beiden Enden eines Paired-End-Lesevorgangs gefiltert.
Für „beide“ ist an beiden Enden eines Paired-End-Lesevorgangs (oder am einzigen Ende) ein „Y“ erforderlich
eines Single-End-Reads).

--allow-pe-name-mismatch
Ermöglicht, dass die Zugriffsnamen von Lesevorgängen in Paired-End-Dateien nicht übereinstimmen

--gunzip
Dekomprimieren Sie gzip-Eingabedateien

--bunzip2
Dekomprimieren Sie mit bzip2 komprimierte Eingabedateien

Berechnungsmöglichkeiten

Hinweis: GSNAP verfügt über einen ultraschnellen Algorithmus zur Berechnung von Nichtübereinstimmungen bis und
einschließlich

((readlength+2)/kmer - 2) („ultraschnelle Fehlanpassungen“). Das Programm läuft am schnellsten, wenn
max-mismatches (plus suboptimal-levels) liegt innerhalb dieses Werts. Insbesondere auch Indels
Die Berechnung von End-Indels dauert länger, obwohl der Algorithmus immer noch auf Schnelligkeit ausgelegt ist.

-B, --Charge=INT
Batch-Modus (Standard = 2)

Modus-Offsets, Positionen, Genom-Suffix-Array
0 siehe Hinweis mmap mmap mmap
1 siehe Hinweis mmap & mmap vorladen mmap
2 siehe Hinweis mmap & mmap vorladen & mmap vorladen & mmap vorladen
3 siehe Hinweis mmap zuweisen & mmap vorladen & vorladen
(Standard) 4 siehe Hinweis Allocate Allocate MMAP & Preload
5 siehe Hinweis zuordnen zuordnen zuordnen

Hinweis: Für eine einzelne Sequenz verwenden alle Datenstrukturen mmap
Wenn mmap nicht verfügbar und „Allocate“ nicht ausgewählt ist, wird Fileio verwendet (sehr langsam).

Hinweis zu Offsets: Die Erweiterung der Offsets kann gesteuert werden
unabhängig von der --expand-offsets Flagge. Es wird jedoch auf Offsets zugegriffen
relativ schnell in dieser Version von GSNAP.

--use-shared-memory=INT
Bei 1 (Standard) wird der zugewiesene Speicher von allen Prozessen auf diesem Knoten gemeinsam genutzt.
Wenn 0, verfügt jeder Prozess über privaten zugewiesenen Speicher

--expand-offsets=INT
Ob der Genom-Offset-Index erweitert werden soll. Werte: 0 (Nein, Standard) oder 1 (Ja).
Die Erweiterung ermöglicht eine schnellere Ausrichtung, erfordert jedoch mehr Speicher

-m, --max-mismatches=FLOAT
Maximale Anzahl zulässiger Nichtübereinstimmungen (falls nicht angegeben, wird standardmäßig verwendet).
ultraschnelles Niveau von ((readlength+index_interval-1)/kmer - 2)) (Standardmäßig ist die
Das Genomindexintervall beträgt 3, dies kann jedoch durch Angabe eines anderen Werts geändert werden
für -q zu gmap_build bei der Verarbeitung des Genoms.)

Wenn der Wert zwischen 0.0 und 1.0 liegt, wird er als Bruch behandelt
jeder Leselänge. Andernfalls wird es als ganzzahlige Anzahl von Nichtübereinstimmungen behandelt
(einschließlich Indel- und Spleißstrafen) Für RNA-Seq müssen Sie diesen Wert möglicherweise erhöhen
Geben Sie den Wert leicht an, um Lesevorgänge auszurichten, die über die Enden eines Exons hinausgehen.

--min-Abdeckung=FLOAT
Für eine Ausrichtung erforderliche Mindestabdeckung. Wenn zwischen 0.0 und 1.0 angegeben, dann
wird als Bruchteil jeder Leselänge behandelt. Ansonsten wird es als Integral behandelt
Anzahl der Basenpaare. Der Standardwert ist 0.0.

--query-unk-mismatch=INT
Ob unbekannte (N) Zeichen in der Abfrage als Nichtübereinstimmung gezählt werden sollen (0=Nein (Standard),
1=ja)

--genome-unk-mismatch=INT
Ob unbekannte (N) Zeichen im Genom als Nichtübereinstimmung gezählt werden sollen (0=Nein, 1=Ja).
(Standard))

--maxsearch=INT
Maximale Anzahl der zu findenden Ausrichtungen (Standard 1000). Muss größer sein als --npaths,
Das ist die zu meldende Nummer. Wenn Sie diese Zahl groß halten, ist eine Zufallsauswahl möglich
Auswahl zwischen mehreren Ausrichtungen. Eine Reduzierung dieser Zahl kann die Geschwindigkeit beschleunigen


-i, --indel-Strafe=INT
Strafe für einen Indel (Standard 2). Zählt gegen erlaubte Abweichungen. Finden
Indels: Indel-Penalty kleiner oder gleich Max-Mismatches machen. Ein Wert < 2 kann
kann am Ende des Lesevorgangs zu falsch positiven Ergebnissen führen

--indel-endlength=INT
Erforderliche Mindestlänge am Ende für Indel-Ausrichtungen (Standard 4)

-y, --max-middle-insertions=INT
Maximal zulässige Anzahl mittlerer Einfügungen (Standard 9)

-z, --max-middle-deletions=INT Maximal zulässige Anzahl mittlerer Löschvorgänge (Standard: 30)

-Y, --max-end-insertions=INT
Maximale Anzahl zulässiger Endeinfügungen (Standard 3)

-Z, --max-end-deletions=INT
Maximale Anzahl zulässiger Endlöschungen (Standard: 6)

-M, --suboptimal-levels=INT
Suboptimale Treffer über den besten Treffer hinaus melden (Standard 0) Alle Treffer mit der besten Punktzahl plus
Es werden suboptimale Werte gemeldet

-a, --adapter-strip=STRING
Methode zum Entfernen von Adaptern aus Lesevorgängen. Derzeit zulässige Werte: Aus, Gepaart.
Die Standardeinstellung ist „aus“. Geben Sie zum Einschalten „gepaart“ an, wodurch Adapter entfernt werden
Paired-End-Lesevorgänge, wenn sie vorhanden zu sein scheinen.

--trim-mismatch-score=INT
Bewertung für Nichtübereinstimmungen beim Trimmen an den Enden (Standard ist). -3; ausschalten
Beschneiden, geben Sie 0 an). Warnung: Das Deaktivieren des Trimmens führt zu falsch positiven Ergebnissen
Nichtübereinstimmungen am Ende von Lesevorgängen

--trim-indel-score=INT
Score, der für Indels beim Trimmen an den Enden verwendet werden soll (Standard ist -2; um das Trimmen auszuschalten,
0 angeben). Warnung: Das Ausschalten der Trimmung führt zu falsch positiven Indels
Ende der Lesevorgänge

-V, --snpsdir=STRING
Verzeichnis für SNPs-Indexdateien (erstellt mit snpindex) (Standard ist der Speicherort von
Genomindexdateien, die mit angegeben wurden -D und -d)

-v, --use-snps=STRING
Verwenden Sie eine Datenbank mit bekannten SNPs (in .iit, zuvor erstellt mit
snpindex) für Toleranz gegenüber SNPs

--cmetdir=STRING
Verzeichnis für Methylcytosin-Indexdateien (erstellt mit cmetindex) (Standard ist
Speicherort der Genomindexdateien, die mit angegeben wurden -D, -V und -d)

--atoidir=STRING
Verzeichnis für A-to-I-RNA-Bearbeitungsindexdateien (erstellt mit atoiindex) (Standard ist
Speicherort der Genomindexdateien, die mit angegeben wurden -D, -V und -d)

--Modus=STRING
Ausrichtungsmodus: Standard (Standard), cmet-stranded, cmet-nonstranded, atoi-stranded,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded oder ttoc-nonstranded. Nicht standardmäßige Modi erfordern
Sie müssen zuvor die Programme cmetindex oder atoiindex ausgeführt haben (die auch Folgendes abdecken).
die ttoc-Modi) auf dem Genom

-t, --nthreads=INT
Anzahl der Arbeitsthreads

Optionen für die GMAP-Ausrichtung innerhalb von GSNAP

--gmap-mode=STRING
Fälle, in denen GMAP für komplexe Ausrichtungen verwendet wird, die mehrere Spleiße oder Indels enthalten
Zulässige Werte: keine, alle, Paarsuche, indel_knownsplice, Terminal, verbessern

(oder mehrere Werte, durch Kommas getrennt).
Standard: alle, alsopairsearch,indel_knownsplice,terminal,improve

--trigger-score-for-gmap=INT
Versuchen Sie die GMAP-Paarsuche in nahegelegenen Genomregionen, wenn das beste Ergebnis erzielt wird (die Summe beider Enden).
wenn Paired-End) diesen Wert überschreitet (Standard 5)

--gmap-min-match-length=INT
GMAP-Treffer nur beibehalten, wenn es so viele aufeinanderfolgende Übereinstimmungen gibt (Standard 20)

--gmap-allowance=INT
Zusätzlicher Nichtübereinstimmungs-/Indel-Score für GMAP-Ausrichtungen zulässig (Standard 3)

--max-gmap-pairsearch=INT
Führen Sie eine GMAP-Paarsuche in nahegelegenen Genomregionen bis zu diesem vielen, vielen Kandidaten durch
endet (Standard 50). Erfordert eine Paarsuche in --gmap-mode

--max-gmap-terminal=INT
Führen Sie ein GMAP-Terminal für nahegelegene Genomregionen bis zu diesen vielen Kandidatenenden durch
(Standard 50). Erfordert Terminaleingang --gmap-mode

--max-gmap-improvement=INT
Führen Sie eine GMAP-Verbesserung in benachbarten Genomregionen bis zu diesen vielen Kandidatenenden durch
(Standard 5). Erfordert Verbesserungen --gmap-mode

--microexon-spliceprob=FLOAT
Erlauben Sie Mikroexons nur, wenn eine der Spleißstellenwahrscheinlichkeiten größer ist
Wert (Standard 0.95)

Spleißoptionen für DNA-Seq

--find-dna-chimeras=INT
Suchen Sie automatisch nach entferntem Splicing in DNA-Seq-Daten (0 = Nein (Standard), 1 = Ja).
für RNA-Seq-Daten inaktiviert, wenn -N or -s angegeben sind)

Spleißoptionen für RNA-Seq

-N, --novelsplicing=INT
Suchen Sie nach neuartigem Spleißen (0=Nein (Standard), 1=Ja)

--splicingdir=STRING
Verzeichnis zum Spleißen mit bekannten Stellen oder bekannten Introns, wie von angegeben
-s or --use-splicing Flag (Standard ist das Verzeichnis, aus dem berechnet wird -D und -d Flaggen).
Hinweis: Sie können einfach den vollständigen Pfadnamen angeben -s Flagge statt.

-s, --use-splicing=STRING
Suchen Sie nach Spleißen, an denen bekannte Stellen oder bekannte Introns beteiligt sind (in .iit), bei
kurze oder lange Entfernungen Zur Unterscheidung zwischen bekannten Entfernungen siehe README-Anweisungen
Standorte und bekannte Introns

--ambig-splice-noclip
Bei nicht eindeutig bekannter Spleißung an den Enden des Lesevorgangs darf die Spleißstelle nicht abgeschnitten werden.
sondern erstrecken sich stattdessen bis in das Intron. Dieses Flag ist nur sinnvoll, wenn Sie Folgendes angeben
--use-splicing Flagge, und Sie versuchen, jegliches Soft-Clipping mit zu beseitigen
--trim-mismatch-score=0

-w, --localsplicedist=INT
Definition des lokalen neuartigen Spleißereignisses (Standard 200000)

--novelend-splicedist=INT
Entfernung für die Suche nach neuartigen Spleißen an den Enden von Lesevorgängen (Standard: 50000)

-e, --local-splice-penalty=INT
Strafe für einen lokalen Spleiß (Standard 0). Zählt gegen erlaubte Abweichungen

-E, --distant-splice-penalty=INT
Strafe für einen entfernten Spleiß (Standard 1). Ein entfernter Spleiß ist einer, an dem sich das Intron befindet
Länge überschreitet den Wert von -w, oder auch --localsplicedist, oder ist eine Umkehrung, Scramble,
oder Translokation zwischen zwei verschiedenen Chromosomen. Zählt gegen Fehlpaarungen
erlaubt

-K, --distant-splice-endlength=INT
Erforderliche Mindestlänge am Ende für entfernte gespleißte Ausrichtungen (Standard: 20, min
erlaubt ist der Wert von -k, oder kmer-Größe)

-l, --shortend-splice-endlength=INT
Erforderliche Mindestlänge am Ende für gespleißte Ausrichtungen am kurzen Ende (Standard 2, aber
es sei denn, bekannte Spleißstellen sind im Lieferumfang enthalten -s Flag, GSNAP benötigt möglicherweise noch das
Endlänge soll der Wert sein -koder kmer-Größe, um einen bestimmten Spleiß zu finden

--distant-splice-identity=FLOAT
Mindestidentität am Ende für entfernte gespleißte Ausrichtungen erforderlich (Standard 0.95)

--antistranded-penalty=INT
(Derzeit nicht implementiert, da es zu schlechten Ergebnissen führt) Strafe für
Antistranded-Splicing bei Verwendung von Stranded-RNA-Seq-Protokollen. Ein positiver Wert,
Beispiel: 1 erwartet Antisense beim ersten Lesevorgang und Sense beim zweiten Lesevorgang.
Der Standardwert ist 0, wodurch Sense und Antisense gleich gut behandelt werden

--merge-distant-samechr
Wenn möglich, melden Sie entfernte Spleißstellen auf demselben Chromosom wie eine einzelne Spleißstelle.
Erzeugt eine einzelne SAM-Leitung anstelle von zwei SAM-Leitungen, was ebenfalls der Fall ist
Translokationen, Inversionen und Scramble-Ereignisse

Optionen für Paired-End-Lesevorgänge

--pairmax-dna=INT
Maximale Gesamtlänge des Genoms für gepaarte DNA-Seq-Reads oder andere Reads ohne Spleißen
(Standard 1000). Wird verwendet, wenn -N or -s ist nicht angegeben.

--pairmax-rna=INT
Maximale Gesamtlänge des Genoms für gepaarte RNA-Seq-Reads oder andere Reads, die eine haben könnten
Spleiß (Standard 200000). Wird verwendet, wenn -N or -s angegeben. Sollte wahrscheinlich mit dem übereinstimmen
Wert für -w, --localsplicedist.

--pairexpect=INT
Erwartete Länge des gepaarten Endes, die zum Aufrufen von Spleißen im medialen Teil des gepaarten Endes verwendet wird
liest (Standard 200). Wurde in früheren Versionen deaktiviert, aber wieder aktiviert.

--pairdev=INT
Zulässige Abweichung von der erwarteten Paired-End-Länge, die zum Aufrufen von Spleißen verwendet wird
medialer Teil von Paired-End-Lesevorgängen (Standard 100). War vorher ausgeschaltet
Versionen, aber wiedereingesetzt.

Optionen für Qualitätsbewertungen

--quality-protocol=STRING
Protokoll für Eingabequalitätswerte. Zulässige Werte: illumina (ASCII 64-126)
(gleichwertig -J 64 -j -31) Sänger (ASCII 33-126) (entspricht -J 33 -j 0)

Standard ist Sanger (keine Druckqualitätsverschiebung)
SAM-Ausgabedateien sollten über Qualitätswerte im Sanger-Protokoll verfügen

Oder Sie können dieses Verhalten mit diesen Flags anpassen:

-J, --quality-zero-score=INT
Die FASTQ-Qualitätswerte sind bei diesem ASCII-Wert Null (Standard ist 33 für Sanger).
Protokoll; für Illumina wählen Sie 64)

-j, --quality-print-shift=INT
Verschieben Sie die FASTQ-Qualitätswerte in der Ausgabe um diesen Betrag (Standard ist 0 für Sanger).
Protokoll; Um den Illumina-Eingang in den Sanger-Ausgang zu ändern, wählen Sie -31)

Ausgabeoptionen

-n, --npaths=INT
Maximale Anzahl zu druckender Pfade (Standard 100).

-Q, --ruhig, wenn-übermäßig
Wenn mehr als die maximale Anzahl an Pfaden gefunden wird, wird nichts gedruckt.

-O, --bestellt
Ausgabe in derselben Reihenfolge wie Eingabe drucken (nur relevant, wenn mehr als ein Arbeiter vorhanden ist).
Gewinde)

--show-refdiff
Zeigt für die GSNAP-Ausgabe in SNP-toleranter Ausrichtung alle Unterschiede relativ zur
Referenzgenom in Kleinbuchstaben (andernfalls werden alle Unterschiede relativ zu angezeigt).
sowohl das Referenz- als auch das Alternativgenom)

--clip-overlap
Bei Paired-End-Lesevorgängen, deren Ausrichtungen sich überlappen, schneiden Sie den überlappenden Bereich ab.

--merge-overlap
Bei Paired-End-Lesevorgängen, deren Ausrichtungen sich überschneiden, führen Sie die beiden Enden zu einem einzigen Ende zusammen
(Beta-Implementierung)

--print-snps
Detaillierte Informationen zu SNPs in Lesevorgängen ausdrucken (funktioniert nur, wenn -v auch ausgewählt)
(noch nicht vollständig implementiert)

--failsonly
Drucken Sie nur fehlgeschlagene Ausrichtungen, also solche ohne Ergebnisse

--nofails
Schließen Sie das Drucken fehlgeschlagener Ausrichtungen aus

-A, --Format=STRING
Ein anderer Formattyp als der Standardformattyp. Derzeit implementiert: sam, m8 (BLAST
Tabellenformat)

--split-output=STRING
Basisname für die Ausgabe mehrerer Dateien, separat für Nomapping, halfmapping_uniq,
halfmapping_mult, unpaired_uniq, unpaired_mult,paired_uniq,paired_mult,
concordant_uniq- und concordant_mult-Ergebnisse

-o, --Ausgabedatei=STRING
Dateiname für einen einzelnen Stream von Ausgabeergebnissen.

--failed-input=STRING
Drucken Sie vollständig fehlgeschlagene Ausrichtungen als Eingabe-FASTA- oder FASTQ-Format in das angegebene Format
Datei, anhängend .1 oder .2, für Paired-End-Daten. Wenn die --split-output Flagge ist auch
gegeben, wird diese Datei zusätzlich zur Ausgabe in der .nomapping-Datei generiert.

--append-output
Wann --split-output or --failed-input gegeben ist, hängt dieses Flag die Ausgabe an die an
vorhandene Dateien. Andernfalls werden standardmäßig neue Dateien erstellt.

--Order-Unter-Besten=STRING
Ordnen Sie die Ausrichtungen mit der höchsten Punktzahl in dieser Reihenfolge an.
Zulässige Werte: genomisch, zufällig (Standard)

--output-buffer-size=INT
Puffergröße in Abfragen für den Ausgabethread (Standard 1000). Wenn die Anzahl der
Wenn die zu druckenden Ergebnisse diese Größe überschreiten, werden die Arbeitsthreads angehalten, bis die
Rückstand wird abgebaut

Optionen für die SAM-Ausgabe

--no-sam-headers
Kopfzeilen, die mit „@“ beginnen, werden nicht gedruckt.

--add-paired-nomappers
Fügen Sie nach Bedarf Nomapper-Zeilen hinzu, damit alle Paired-End-Ergebnisse zunächst abwechselnd angezeigt werden
Ende und zweites Ende

--paired-flag-means-concordant=INT
Ob das gepaarte Bit in den SAM-Flags nur Konkordanz (1) oder gepaartes Plus bedeutet
konkordant (0, Standard)

--sam-headers-batch=INT
Kopfzeilen nur für diesen Stapel drucken, wie von angegeben -q

--sam-use-0M
Fügen Sie 0M in CIGAR zwischen benachbarten Einfügungen und Löschungen ein. Von Picard gefordert,
kann aber Fehler in anderen Tools verursachen

--sam-multiple-primaries
Ermöglicht die Markierung mehrerer Ausrichtungen als primär, wenn sie gleich gut sind
Mapping-Ergebnisse

--force-xs-dir
Für RNA-Seq-Alignments ist XS:A: nicht zulässig. wenn die Sinnesrichtung unklar ist, und
ersetzt diesen Wert willkürlich durch XS:A:+. Kann für einige Programme nützlich sein, z
B. Manschettenknöpfe, die nicht mit XS:A:? umgehen können. Wenn Sie jedoch dieses Flag verwenden, wird die
Der gemeldete Wert von XS:A:+ ist in diesen Fällen nicht aussagekräftig.

--md-lowercase-snp
In MD-String, wenn bekannte SNPs durch gegeben sind -v Flagge, druckt den Unterschied
Nukleotide werden in Kleinbuchstaben geschrieben, wenn sie sich von der Referenz unterscheiden, aber mit einem bekannten übereinstimmen
alternatives Allel

--extend-soft-clips
Erweitert Ausrichtungen durch weich abgeschnittene Bereiche

--action-if-cigar-error
Zu ergreifende Maßnahme, wenn zwischen der CIGAR-Länge und der Sequenzlänge eine Unstimmigkeit besteht
Zulässige Werte: ignorieren, Warnung, Noprint (Standard), Abort

--read-group-id=STRING
Wert, der in das Feld „Lesegruppen-ID“ (RG-ID) eingefügt werden soll

--read-group-name=STRING
Wert, der in das Feld „Lesegruppenname“ (RG-SM) eingefügt werden soll

--read-group-library=STRING
Wert, der in das Feld der Lesegruppenbibliothek (RG-LB) eingefügt werden soll

--read-group-platform=STRING
Wert, der in das Feld der Lesegruppenbibliothek (RG-PL) eingefügt werden soll

Hilfeoptionen

--prüfen
Überprüfen Sie die Compiler-Annahmen

--Version
Version anzeigen

--help Diese Hilfenachricht anzeigen

Andere Tools der GMAP-Suite befinden sich in /usr/lib/gmap

Nutzen Sie gsnap online über die Dienste von onworks.net