Dies ist der Befehl gt-extractfeat, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gt-extractfeat – Extrahieren Sie in der GFF3-Datei angegebene Features aus der Sequenzdatei.
ZUSAMMENFASSUNG
gt extractfeat [Option ...] [GFF3_file]
BESCHREIBUNG
-Art [Schnur]
Art der zu extrahierenden Features festlegen (Standard: undefiniert)
-beitreten [ja|nein]
Feature-Sequenzen im selben Untergraphen zu einem einzigen zusammenfügen (Standard: Nein)
-Übersetzen [ja|nein]
Übersetzen Sie die Merkmale (einer DNA-Sequenz) in Protein (Standard: Nein)
-seqid [ja|nein]
Sequenz-ID der extrahierten Features zu FASTA-Beschreibungen hinzufügen (Standard: Nein)
-Ziel [ja|nein]
Ziel-ID(s) der extrahierten Features zu FASTA-Beschreibungen hinzufügen (Standard: Nein)
-Koordinaten [ja|nein]
Standort der extrahierten Features zu FASTA-Beschreibungen hinzufügen (Standard: Nein)
-Retainiden [ja|nein]
ID-Attribute extrahierter Features als FASTA-Beschreibungen verwenden (Standard: Nein)
-gcode [Wert]
Geben Sie den zu verwendenden genetischen Code an (Standard: 1)
-seqfile [Dateinamen]
Legen Sie die Sequenzdatei fest, aus der die Sequenzen entnommen werden sollen (Standard: undefiniert)
-engl [Dateinamen]
Legen Sie den codierten Sequenzindexnamen fest, aus dem die Sequenzen entnommen werden sollen (Standard:
nicht definiert)
-seqfiles
Legen Sie die Sequenzdateien fest, aus denen die Funktionen extrahiert werden sollen -- die Liste beenden
von Sequenzdateien
-matchdesc [ja|nein]
durchsuchen Sie die Sequenzbeschreibungen aus den Eingabedateien nach den gewünschten Sequenz-IDs (in
GFF3), meldet das erste Spiel (Standard: nein)
-matchdescstart [ja|nein]
exakt mit den Sequenzbeschreibungen aus den Eingabedateien für die gewünschte Sequenz übereinstimmen
IDs (in GFF3) vom Anfang bis zum ersten Leerzeichen (Standard: nein)
-verwendetesc [ja|nein]
Verwenden Sie Sequenzbeschreibungen, um die Sequenz-IDs (in GFF3) der tatsächlichen Sequenz zuzuordnen
Einträge. Wenn eine Beschreibung einen Sequenzbereich enthält (z. B. III:1000001..2000000), wird die
erster Teil wird als Sequenz-ID verwendet (III) und die erste Bereichsposition als Offset
(1000001) (Standard: nein)
-Regionszuordnung [Schnur]
Datei mit Sequenzbereich auf Sequenzdateizuordnung setzen (Standard: undefiniert)
-v [ja|nein]
ausführlich sein (Standard: nein)
-Breite [Wert]
Ausgabebreite für FASTA-Sequenzdruck festlegen (0 deaktiviert die Formatierung) (Standard: 0)
-o [Dateinamen]
Ausgabe an angegebene Datei umleiten (Standard: undefiniert)
-gzip [ja|nein]
gzip komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-bzip2 [ja|nein]
bzip2-komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-Macht [ja|nein]
Schreiben in Ausgabedatei erzwingen (Standard: nein)
-Hilfe
Hilfe anzeigen und beenden
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
Genetische Codenummern für Option -gcode:
1: Standard 2: Wirbeltier-Mitochondrien 3: Hefe-Mitochondrien 4: Schimmel-Mitochondrien;
Protozoen-Mitochondrien; Coelenterate Mitochondrien; Mykoplasmen; Spiroplasma 5:
Mitochondriales Wirbelloses Tier 6: Kernwimpertier; Dasycladacean Nuclear; Hexamita Nuclear 9:
Stachelhäuter mitochondrial; Plattwurm Mitochondrial 10: Euplotid Kern 11: Bakterium,
Archaeale und pflanzliche Plastiden 12: Alternative Hefekerne 13: Aszidiane Mitochondrien 14:
Alternativer Plattwurm Mitochondrial 15: Makronukleärer Blepharisma 16: Chlorophycean
Mitochondrial 21: Trematode Mitochondrial 22: Scenedesmus obliquus Mitochondrial 23:
Thraustochytrium Mitochondrial 24: Pterobranchia Mitochondrial 25: Kandidatenabteilung SR1
und Gracilibakterien
Dateiformat für Option -Regionszuordnung:
Die der Option -regionmapping übergebene Datei definiert ein „Mapping“. Ein Mapping bildet die
Sequenz-Region-Einträge im GFF3_Datei in eine Sequenzdatei, die die
entsprechende Reihenfolge. Mappings können in einer der folgenden beiden Formen definiert werden:
Zuordnung = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
Funktionszuordnung (sequence_region)
Rückgabe "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
Ende
Die erste Form definiert ein Lua (http://www.lua.org) Tabelle mit dem Namen „Mapping“, die jedes zuordnet
Sequenzbereich in die entsprechende Sequenzdatei. Die zweite definiert eine Lua-Funktion
„mapping“, das den Namen der Sequenzdatei zurückgeben muss, wenn es mit dem aufgerufen wird
Sequenz_Region als Argument.
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