Dies ist der Befehl infoaligne, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
infoalign – Zeigt grundlegende Informationen zu einem Mehrfachsequenz-Alignment an
ZUSAMMENFASSUNG
infoalign -Reihenfolge Folgesatz [-Matrix Matrix] [-refseq Schnur] -Pluralität schweben
-Identität schweben -outfile Outfile [-html boolean] -nur boolean -Überschrift boolean
-USA boolean -Name boolean -seqlength boolean -alignlength boolean -Lücken boolean
-Gapcount boolean -idcount boolean -simcount boolean -diffcount boolean
-ändern boolean -Gewicht boolean -Bezeichnung boolean
infoalign -Hilfe
BESCHREIBUNG
infoalign ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der „Alignment:Multiple,Data retrieval:Sequence data“
Befehlsgruppe(n).
OPTIONAL
Eingang Abschnitt
-Reihenfolge Folgesatz
Die anzuzeigende Sequenzausrichtung.
-Matrix Matrix
Dies ist die Bewertungsmatrixdatei, die beim Vergleichen von Sequenzen verwendet wird. Standardmäßig ist es der
Datei 'EBLOSUM62' (für Proteine) oder die Datei 'EDNAFULL' (für Nukleinsequenzen). Diese
Dateien befinden sich im Verzeichnis 'data' der EMBOSS-Installation.
-refseq Schnur
Wenn Sie die Nummer im Alignment oder den Namen einer Sequenz angeben, wird diese übernommen
sei die Referenzsequenz. Die Referenzsequenz ist diejenige, gegen die alle
andere Sequenzen werden verglichen. Wenn dieser Wert auf 0 gesetzt ist, gilt die Konsenssequenz
als Referenzsequenz verwendet. Standardmäßig wird die Konsenssequenz als verwendet
Referenzsequenz.
Erweitert Abschnitt
-Pluralität schweben
Legen Sie einen Grenzwert für den Prozentsatz der Übereinstimmungen mit positiver Bewertung fest, unterhalb dessen kein Konsens besteht.
Die Standardpluralität beträgt 50 % des Gesamtgewichts aller Sequenzen im
Ausrichtung. Standardwert: 50.0
-Identität schweben
Bietet die Möglichkeit, die erforderliche Anzahl von Identitäten an einer Position festzulegen
es, einen Konsens zu geben. Wenn dieser Wert auf 100 % eingestellt ist, werden daher nur Spalten mit Identitäten angezeigt
zum Konsens beitragen. Standardwert: 0.0
Ausgang Abschnitt
-outfile Outfile
Wenn Sie hier den Namen einer Datei eingeben, schreibt dieses Programm die Sequenzdetails
in diese Datei.
-html boolean
Standardwert: N
-nur boolean
Dies ist eine Möglichkeit, die Befehlszeile zu verkürzen, wenn Sie nur ein paar Dinge möchten
angezeigt. Anstatt Folgendes anzugeben: '-nohead -nousa -noname -noalign -nogaps -nogapcount
-nosimcount -noidcount -nodiffcount -noweight‘, um nur die Sequenzlängenausgabe zu erhalten,
Sie können „-only -seqlength“ angeben. Standardwert: N
-Überschrift boolean
Standardwert: @(!$(only))
-USA boolean
Standardwert: @(!$(only))
-Name boolean
Standardwert: @(!$(only))
-seqlength boolean
Standardwert: @(!$(only))
-alignlength boolean
Standardwert: @(!$(only))
-Lücken boolean
Standardwert: @(!$(only))
-Gapcount boolean
Standardwert: @(!$(only))
-idcount boolean
Standardwert: @(!$(only))
-simcount boolean
Standardwert: @(!$(only))
-diffcount boolean
Standardwert: @(!$(only))
-ändern boolean
Standardwert: @(!$(only))
-Gewicht boolean
Standardwert: @(!$(only))
-Bezeichnung boolean
Standardwert: @(!$(only))
Nutzen Sie infoaligne online über die Dienste von onworks.net
