Dies ist der Befehl kissnp2, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
kissnp2 – Handbuchseite für kissnp2 1.2.6
BESCHREIBUNG
NAME kissnp, Version DiscoSnp – kissnp-Submodul 1.2.6 – Copyright INRIA – CeCILL-Lizenz
ZUSAMMENFASSUNG kissnp2/kissnp2 [ [ -o Name
[-t] [-e Länge] [-l] [-b] [-k Wert] [-c Wert] [-g Wert] [-h]
oder:
kissnp2/kissnp2 input_names_file.txt -o Name [-t] [-e Länge] [-l] [-b] [-k Wert] [-c
Wert] [-g Wert] [-h]
wobei „input_names_file.txt“ eine Datei ist, die in jeder Zeile den Namen des gelesenen Eintrags enthält
Dateien
BESCHREIBUNG
„kissnp2“, erkennt SNPs aus Lesesätzen. Normalerweise sollte darauf folgen
„kissreads“ zur Wiederherstellung der Abdeckung und Qualitätsinformationen aus Lesevorgängen.
VERPFLICHTEND
Mindestens ein Lesesatz. -o Dateiname-Präfix: Wo werden Ausgaben und Debruijn geschrieben?
Diagrammstrukturdateien.
OPTIONAL
-t Erweitern Sie die gefundenen SNPs und stoppen Sie sie beim ersten Polymorphismus (strikte Erweiterung = Unitigs).
Nicht kompatibel mit -T
-T Gefundene Erweiterung erweitern und bei SNPs mit großem Polymorphismus (extension=contigs) anhalten. Nicht kompatibel mit
-t
-e Länge: Gefundene SNPs erweitern (Option -t) und konserviere nur diejenigen, deren min(links und rechts
Erweiterung) ist größer oder gleich „Länge“
-l Konservieren Sie SNPs mit geringer Komplexität. Standard: false (Ergebnisse mit geringer Komplexität herausfiltern)
-b INT:
0: SNPs verbieten, für die einer der beiden Pfade verzweigt (hohe Präzision, geringer Rückruf).
Standardwert
1: SNPs verbieten, für die sich die beiden Pfade verzweigen (z. B. können die beiden Pfade verzweigen).
erstellt entweder mit einem „A“ oder einem „C“ an derselben Position 2: Keine Einschränkung auf
Verzweigung (geringe Präzision, hoher Rückruf)
-k size_seed: Verwendet Seeds der Länge size_seed. Standard: 27.
-c min_coverage: Eine Sequenz wird durch mindestens min_coverage kohärente Lesevorgänge abgedeckt. Standard: 2
-C max_coverage: Eine Sequenz wird höchstens durch max_coverage kohärente Lesevorgänge abgedeckt. Standard:
infiny (=2147483647 auf Ihrem Computer :))
-g geschätzte_Genomgröße: Schätzung der Größe des Genoms, von dem die Lesevorgänge stammen.
Es ist in bp angegeben, muss nicht genau sein, sondern steuert nur die Speichernutzung. Standard: 3
Billion
-h gibt diese Meldung aus und beendet den Vorgang
DiscoSnp – Kissnp-Submodul 1.2.6 – Copyright INRIA – CeCILL-Lizenz Die Befehlszeile war:
kissnp2/kissnp2 -h
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