Dies ist der Befehl macs2_bdgbroadcall, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
macs2_bdgbroadcall – Modellbasierte Analyse für ChIP-Sequenzierung
BESCHREIBUNG
Verwendung: macs2 bdgbroadcall [-h] -i IFILE [-c CUTOFFPEAK] [-C CUTOFFLINK]
[-l MINLEN] [-g LVL1MAXGAP] [-G LVL2MAXGAP]
[--outdir OUTDIR] (-o OFILE | --o-Präfix OPPREFIX)
optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
-i IFILE, --ifile IFILE
MACS-Score in bedGraph. ERFORDERLICH
-c CUTOFFPEAK, --cutoff-peak CUTOFFPEAK
Grenzwert für Spitzen, je nachdem, welche Methode Sie für die Bewertungsspur verwendet haben. Wenn die Datei
enthält qvalue-Scores von MACS2, Score 2 bedeutet qvalue 0.01. STANDARD: 2
-C CUTOFFLINK, --cutoff-link CUTOFFLINK
Grenzwert für die Verknüpfung von Regionen/Regionen mit geringer Häufigkeit, je nachdem, welche Methode Sie verwendet haben
für Score-Track. Wenn die Datei qvalue-Scores von MACS2 enthält, bedeutet Score 1
qvalue 0.1 und Score 0.3 bedeutet qvalue 0.5. STANDARD: 1
-l MINLEN, --minimale Länge MINLEN
minimale Länge des Peaks, besser als d-Wert. STANDARD: 200
-g LVL1MAXGAP, --lvl1-max-gap LVL1MAXGAP
Maximale Lücke zwischen signifikanten Peaks, besser als Tag-Größe festlegen. STANDARD: 30
-G LVL2MAXGAP, --lvl2-max-gap LVL2MAXGAP
maximale Verknüpfung zwischen signifikanten Peaks, besser auf das 4-fache des d-Werts einstellen.
STANDARD: 800
--outdir AUSSEN
Wenn angegeben, werden alle Ausgabedateien in dieses Verzeichnis geschrieben. Standard: die
aktuelles Arbeitsverzeichnis
-o OFIL, --ofile OFIL
Name der Ausgabedatei. Sich gegenseitig ausschließen mit --o-Präfix.
--o-Präfix OPPREFIX
Präfix der Ausgabedatei. Sich gegenseitig ausschließen mit -o/--ofile.
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