macsyfinder – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

macsyfinder – Handbuchseite für macsyfinder 1.0.2

BESCHREIBUNG

Verwendung: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--db-type {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}]
[--replicon-topology {linear,circular}] [--topology-file TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--inter-gene-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--min-mandatory-genes-required MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--min-genes-required MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--multi-loci
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-value-search
E_VALUE_RES] [--i-evalue-select I_EVALUE_SEL] [--coverage-profile COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-search-suffix
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--profile-suffix PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [-- previous-run PREVIOUS_RUN] Systeme [Systeme ...]

MacSyFinder ist ein Tool zur Erkennung von Proteinsekretionssystemen von Didermbakterien
aus einem Proteindatensatz.

positionell Argumente:
Systeme
Die zu erkennenden Systeme. Dies ist eine obligatorische Option, der kein Schlüsselwort zugeordnet ist
Es. Um alle Proteinsekretionssysteme und zugehörigen Anhängsel zu erkennen: auf einstellen
„all“ (ohne Berücksichtigung der Groß-/Kleinschreibung). Ansonsten können ein einzelnes oder mehrere Systeme angegeben werden.
Zum Beispiel: „T2SS T4P“.

optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden

Eingang Datensatz Optionen:
--sequence-db SEQUENCE_DB
Pfad zum Sequenzdatensatz im Fasta-Format.

--db-Typ {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}
Der Typ des zu bearbeitenden Datensatzes. „unordered_replicon“ entspricht a
nicht zusammengesetztes Genom, „ungeordnet“ zu einem metagenomischen Datensatz, „ordered_replicon“ zu
ein zusammengesetztes Genom und „gembase“ zu einer Reihe von Replikons, in denen Sequenzidentifikatoren enthalten sind
Folgen Sie dieser Konvention: „>RepliconName SequenceID“.

--replicon-topology {linear, kreisförmig}
Die Topologie der Replikons (diese Option ist nur sinnvoll, wenn der db_type lautet).
„ordered_replicon“ oder „gembase“.

--topology-file TOPOLOGY_FILE
Pfad der Topologiedatei. Die Topologiedatei ermöglicht die Angabe einer Topologie (linear oder).
zirkulär) für jedes Replikon (diese Option ist nur sinnvoll, wenn der db_type lautet).
„ordered_replicon“ oder „gembase“. Eine Topologiedatei ist eine tabellarische Datei mit zwei
Spalten: Die erste ist der Replikonname und die zweite die entsprechende Topologie:
„RepliconA linear“

--idx Erzwingt die Erstellung der Indizes für den Sequenzdatensatz, selbst wenn dies zuvor der Fall war
berechnet und am Standort des Datensatzes vorhanden (Standard = Falsch)

Systeme und Techniken Erkennung Optionen:
--inter-gene-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
Co-Lokalisierungskriterium: maximale Anzahl von Komponenten, die nicht mit einem Profil übereinstimmen
zwischen zwei übereinstimmenden Komponenten zulässig, damit sie als zusammenhängend betrachtet werden. Möglichkeit
nur für 'geordnete' Datensätze sinnvoll. Der erste Wert muss zu einem System passen, das
an zweiter Stelle nach einer Reihe von Komponenten. Diese Option kann mehrmals wiederholt werden:
"--inter-gene-max-space T2SS 12 --inter-gene-max-space Flagellum 20"

--min-mandatory-genes-required MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
Die minimale Anzahl obligatorischer Gene, die für die Systembewertung erforderlich sind. Der erste
Der Wert muss einem Systemnamen entsprechen, der zweite Wert einer Ganzzahl. Diese Option
kann mehrmals wiederholt werden: „--minmandatory-genes-required T2SS 15
--min-mandatorygenes-required Flagellum 10"

--min-genes-required MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
Die minimale Anzahl an Genen, die für die Systembewertung erforderlich sind (beinhaltet beides).
„Pflicht-“ und „Zubehör“-Komponenten). Der erste Wert muss a entsprechen
Systemname, der zweite Wert zu einer Ganzzahl. Diese Option kann mehrmals wiederholt werden
mal: "--min-genesrequired T2SS 15 --min-genes-required Flagellum 10"

--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
Die maximale Anzahl an Genen, die für die Systembewertung erforderlich sind. Der erste Wert muss
entsprechen einem Systemnamen, der zweite Wert einer Ganzzahl. Diese Option kann sein
mehrmals wiederholt: „--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-genes Flagellum 10

--multi-loci MULTI_LOCI
Erlauben Sie die Speicherung von Multi-Loci-Systemen für die angegebenen Systeme. Die Systeme sind
als durch Kommas getrennte Liste angegeben (--multi-loci sys1,sys2) Der Standardwert ist False

Optionen für den Hmm Ausführung und Hits Filterung:
--hmmer HMMER_EXE
Pfad zum Hmmer-Programm.

--index-db INDEX_DB_EXE
Der für Hmmer zu verwendende Indexer. Der Wert kann entweder „makeblastdb“ oder sein
'formatdb' oder der Pfad zu einer dieser Binärdateien (Standard = makeblastb)

--e-value-search E_VALUE_RES
Maximaler E-Wert für Treffer, die während der Hmmer-Suche gemeldet werden sollen. (Standard = 1)

--i-evalue-select I_EVALUE_SEL
Maximaler unabhängiger E-Wert für Hmmer-Treffer, der für die Systemerkennung ausgewählt werden soll.
(Standard = 0.001)

--coverage-profile COVERAGE_PROFILE
In der Trefferausrichtung ist eine minimale Profilabdeckung erforderlich, um die Trefferauswahl zu ermöglichen
zur Systemerkennung. (Standard = 0.5)

Path Optionen:
-d DEF_DIR, --def DEF_DIR
Pfad zu den Systemdefinitionsdateien.

-o OUT_DIR, --out-dir OUT_DIR
Pfad zum Verzeichnis, in dem die Ergebnisse gespeichert werden sollen. wenn outdir angegeben ist, res-search-dir
wird ignoriert.

-r RES_SEARCH_DIR, --res-search-dir RES_SEARCH_DIR
Pfad zum Verzeichnis, in dem die Suchergebnisverzeichnisse von MacSyFinder gespeichert werden
(Standardmäßiges aktuelles Arbeitsverzeichnis).

--res-search-suffix RES_SEARCH_SUFFIX
Das Suffix, das Hmmer-Rohausgabedateien zugewiesen werden soll.

--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX
Das Suffix, das den Ausgabedateien der gefilterten Treffer zugewiesen werden soll.

-p PROFILE_DIR, --profile-dir PROFILE_DIR
Pfad zum Profilverzeichnis.

--profile-suffix PROFILE_SUFFIX
Das Suffix von Profildateien. Für jedes „Gen“-Element gibt es das entsprechende Profil
Gesucht im „profile_dir“, in einer Datei, deren Name auf dem Gennamen + dem basiert
Profilsuffix. Wenn das Gen beispielsweise „gspG“ heißt und das Suffix „
'.hmm3', dann sollte das Profil am angegebenen Ort platziert und benannt werden
'gspG.hmm3'

Allgemein Optionen:
-w WORKER_NB, --Arbeiter WORKER_NB
Anzahl der Worker, die von MacSyFinder verwendet werden sollen. Für den Fall, dass der Benutzer ausführen möchte
MacSyFinder im Multithread-Modus. (0 bedeutet, dass alle Kerne verwendet werden, Standard 1)

-v, --ausführlich
Erhöht den Ausführlichkeitsgrad. Es gibt 4 Ebenen: Fehlermeldungen (Standard),
Warnung (-v), Die Info (-vv) und Debug.(-vvv)

--Protokoll LOGDATEI
Pfad zum Verzeichnis, in dem die Protokolldatei „macsyfinder.log“ gespeichert werden soll.

--config CFG_FILE
Pfad zu einer mutmaßlichen MacSyFinder-Konfigurationsdatei, die verwendet werden soll.

-- previous-run PREVIOUS_RUN
Pfad zu einem früheren MacSyFinder-Ausführungsverzeichnis. Es ermöglicht einem, das Hmm zu überspringen
Suchschritt für denselben Datensatz, da vorherige Laufergebnisse und damit Parameter verwendet werden
bezüglich der Hmmer-Erkennung. Die Konfigurationsdatei aus diesem vorherigen Lauf wird sein
gebraucht. (Konflikt mit Optionen --config, --sequence-db, --profile-suffix,
--resextract-suffix, --e-value-res, --db-Typ, --hmmer)

Weitere Informationen finden Sie auf der MacSyFinder-Website und in der MacSyFinder-Dokumentation.

Verwenden Sie macsyfinder online über die Dienste von onworks.net