Dies ist der Befehl miconv, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
miconv – Konvertiert medizinische Bilddaten zwischen Formaten.
ZUSAMMENFASSUNG
Mikonv [Optionen] []
BESCHREIBUNG
miconv: Konvertiert medizinische Bilddaten zwischen Formaten.
Dateiformate werden automatisch anhand ihrer Dateierweiterung identifiziert. Es erwartet bei
mindestens zwei Dateinamen/Verzeichnisse (für die Eingabe- und Ausgabedatei) am Ende des
Befehlszeile. Eine Ausnahme bildet die Option „-l“, die nur eine erfordert
Dateiname/Verzeichnis, um den Inhalt aufzulisten.
Allgemein Optionen:
-l: Listet durch Leerzeichen getrennte Sätze von Protokollparametern und Exits auf. Verwenden Sie „-l help“, um eine zu erhalten
Liste möglicher Parameter und „-l all“, um alle Parameter aufzulisten. Der Parameter
„Ausgabedatei“ muss bei Verwendung dieser Option weggelassen werden.
-p: Dieses Protokoll als Standardwerte laden
Protokoll Optionen:
-Datum: Datum des Scans [jjjjmmtt] (Standard = 20140807jjjjmmtt)
-FP: Sichtfeld in Phasenrichtung [mm] (Standard = 220.0 mm)
-Fr: FOV in Leserichtung [mm] (Standard=220.0 mm)
-fs: FOV in Schichtrichtung [mm] (Standard = 5.0 mm)
-Nr: Anzahl aufeinanderfolgender Messungen (Standard=1)
-nx: Anzahl der Punkte in Leserichtung (Standard=128)
-ny: Anzahl der Punkte in Phasenrichtung (Standard=128)
-nz: Anzahl der Punkte in Slice-Richtung (Standard=1)
-Geburt: Geburtsdatum des Patienten [JJJJMMTT] (Standard = 00000000JJJJMMTT)
-pid: Eindeutige Patientenkennung (Standard = Unbekannt)
-pname: Vollständiger Patientenname (Standard = Unbekannt)
-psex: Geschlecht des Patienten (Optionen=MFO, Standard=O)
-pgewicht: Gewicht des Patienten [kg] (Standard = 50.0 kg)
-wissenschaftlich: Name des Wissenschaftlers (Standard = Unbekannt)
-SD: Abstand zwischen den Schichten (von Mitte zu Mitte) [mm] (Standard = 10.0 mm)
-serd: Serienbeschreibung (Standard = Unbekannt)
-serno: Seriennummer (Standard=1)
-st: Scheibendicke [mm] (Standard = 5.0 mm)
-Zucht: Studienbeschreibung (Standard = Unbekannt)
-tcname: Name der Sendespule (Standard = Unbekannt)
-Tee: Zeit bis zum Echo der Sequenz [ms] (Standard = 80.0 ms)
-Zeit: Zeitpunkt des Scans [hhmmss] (Standard=091009hhmmss)
-tr: Zeit zwischen aufeinanderfolgenden Anregungen [ms] (Standard = 1000.0 ms)
Reichen Sie das besuch Optionen:
-cplx: Behandeln Sie Daten als komplex und extrahieren Sie die angegebene Komponente (Optionen=keine abs pha real
imag , Standard=keine)
-ds: Datensatzindex, der extrahiert werden soll, wenn mehrere Datensätze gelesen werden
-Filter: Nur die Datensätze lesen, deren Protokollparameter „Schlüssel“ die Zeichenfolge enthält
'Wert' (angegeben im Format 'Schlüssel=Wert')
-fmap: Um die Speichernutzung zu reduzieren, behalten Sie die Dateizuordnung bei, nachdem Sie (Roh-)Daten gelesen, aber geschrieben haben
in das Array führt zu einem Absturz
-jdx: Wenn mehrere JDX-Arrays vorhanden sind, wählen Sie diese Option aus
-rDialekt: Daten im angegebenen Dialekt des Formats lesen. (Standard ist kein Dialekt)
-R F: Format lesen, zum Überschreiben der Dateierweiterung verwenden (Optionen=automatische Erkennung, 3db-Analyse, asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, Standard = automatische Erkennung)
-überspringen: Überspringen Sie diese Anzahl an Bytes, bevor Sie die Rohdaten lesen (Standard = 0).
Reichen Sie das schreiben Optionen:
-anhängen: An vorhandene Datei anhängen, nur für Rohdaten
-fnamepar: Durch Leerzeichen getrennte Liste von Protokollparametern, die beim Erstellen eindeutiger Parameter einbezogen werden sollen
Dateinamen
-noscale: Werte beim Speichern von Ganzzahlen nicht neu skalieren
-Teilt: Aufteilung von Protokoll-Daten-Paaren in separate Dateien erzwingen.
-Art: Bilddarstellungstyp (Optionen=automatisch float double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit , Standard=automatisch)
-wDialekt: Daten im angegebenen Dialekt des Formats schreiben. (Standard ist kein Dialekt)
-wf: Format schreiben, zum Überschreiben der Dateierweiterung verwenden (Optionen = automatische Erkennung, 3db-Analyse, asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, Standard = automatische Erkennung)
-wp: Speichern Sie das Protokoll separat in dieser Datei.
Filters:
-ausrichten : Daten an der Geometrie (Voxelpositionen) von ausrichten
eine externe Datei
-Automask : Maske mit automatischem histogrammbasierten Schwellenwert erstellen
-Cluster : Erstellen Sie Cluster von benachbarten/nächstnachbarnungleichen Voxeln ungleich Null, sortiert nach Größe
-falten <Faltungskern (Gauss NoFilter Triangle Hann Hamming CosSq Blackman
BlackmanNuttall Exp ),Kerndurchmesser [mm]> : Faltung in räumlichen Dimensionen
-Trend abwenden <Anzahl der zu entfernenden Niederfrequenzkomponenten, Nullmittelwert des Ergebnisses
Zeitverlauf>: Langsame Drift im Laufe der Zeit entfernen
-bearbeiten <Positions-/Bereichszeichenfolge im Format (timeframe,slicepos,phasepos,readpos),neuer Wert
of voxel> : Einzelne Voxelwerte bearbeiten
-genmask : Maske erstellen, die alle Voxel mit Wert enthält
im angegebenen Bereich
-isotrop : Bildvoxel durch Interpolation isotrop machen (image
Geometrie wird sich nicht ändern)
-Tiefpass : Tiefpassfilterung
-max : Alle Werte über dem Maximalwert abschneiden
-maxip : Führen Sie eine Projektion mit maximaler Intensität durch
über vorgegebene Richtung
-verschmelzen : Datensätze durch Erweitern der Zeitdimension zu einem einzigen Datensatz zusammenführen
-Mindest : Alle Werte unter dem Mindestwert abschneiden
-minip : Führen Sie eine Projektion mit minimaler Intensität durch
über vorgegebene Richtung
-noNaN : Ersetzt jedes NaN durch den angegebenen Wert
-pflip : Daten in Phasenrichtung spiegeln
-prange : Bereich auswählen in
Phasenrichtung
-proj : Mittelwertprojektion über gegeben durchführen
Richtung
-quantilmask : Maske erstellen, die alle Voxel über dem angegebenen Bruchteil enthält
Schwelle
-Resample : Zeitliche Größenänderung von Bilddaten
-Größengröße : Räumliche Größenänderung von Bilddaten
-Reslice : schneidet das Bild neu in eine bestimmte Größe
Orientierung
-rflip : Daten in Leserichtung umdrehen
-verrotten : Rotation in der Ebene
-ordnen : Bereich auswählen in
Leserichtung
-Rahmen : Bildwerte neu skalieren
-sflip : Daten in Slice-Richtung spiegeln
-Verschiebung <readRichtungsverschiebung [Pixel],phaseRichtungsverschiebung [Pixel],sliceRichtungsverschiebung
[Pixel]>: Daten räumlich verschieben
-Slicetime : Richtig für
unterschiedliche Erfassungszeitpunkte von Schichten
-spleißen : spleißt die
Bild in die angegebene Richtung
-srange : Bereich auswählen in
Schnittrichtung
-swapdim <[rps][-],[rps][-],[rps][-]>: Dimensionen durch Angabe einer Richtung austauschen/spiegeln
Dreifach mit optionalem Reflexionszeichen angehängt
-Fliese : Schnitte zu einem quadratischen 2D-Bild kombinieren
-seltsam : Bereich auswählen in
Zeitrichtung
-tshift : Daten zeitlich verschieben
-Typmax : Alle Werte über dem Maximum eines bestimmten Datentyps abschneiden
-typemin : Alle Werte unterhalb des Mindestwerts eines bestimmten Datentyps abschneiden
-usemask : Erstellen Sie einen 1D-Datensatz einschließlich aller Werte in der Maske aus der Datei
Andere Optionen:
-v oder zum Debuggen/Tracing aller Komponenten oder einer einzelnen
Komponente bzw. Mögliche Werte für Loglevel sind: 0(noLog), 1(errorLog),
2 (Warnprotokoll), 3 (Infoprotokoll).
-h, --help, -Hilfe, --Version : Hilfetext oder Versionsinformationen drucken
Unterstützte Datei Erweiterungen (Formate):
3db (Iris3D-Binärdaten)
analysieren
(NIFTI/ANALYZE, Dialekte: fsl)
asc (ASCII, Dialekte: tcourse)
coi (JCAMP-DX-Datensätze)
dat (Matlab ASCII 2D-Datenmatrix)
dcm (DICOM, Dialekte: Siemens)
double (doppelte Rohdaten)
float (Float-Rohdaten)
gz (GNU-Zip-Container für andere Formate)
hdr (Interfile, Dialekte: neurostat)
hdr (NIFTI/ANALYZE, Dialekte: fsl)
idx (3D-Indizes von Nicht-Nullen in ASCII)
ima (DICOM, Dialekte: Siemens)
interfile
(Interfile, Dialekte: Neurostat)
jdx (JCAMP-DX-Bildformat)
mag (DICOM, Dialekte: Siemens)
mhd (MetaImage)
nii (NIFTI/ANALYZE, Dialekte: fsl)
ph (DICOM, Dialekte: Siemens)
png (Portable Network Graphics)
pos (xy-Positionen von Nicht-Nullen in ASCII)
pro (ODIN-Messprotokolle)
reg (Ansoft HFSS ASCII)
s16bit (vorzeichenbehaftete 16-Bit-Rohdaten)
s32bit (vorzeichenbehaftete 32-Bit-Rohdaten)
s8bit (vorzeichenbehaftete 8-Bit-Rohdaten)
smp (JCAMP-DX-Datensätze)
u16bit (vorzeichenlose 16-Bit-Rohdaten)
u32bit (vorzeichenlose 32-Bit-Rohdaten)
u8bit (vorzeichenlose 8-Bit-Rohdaten)
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