Dies ist der Befehlsmuskel, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Muskel – Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
Muskel -in Varianten des Eingangssignals: Datei (Fasta) [-aus Möglichkeiten für das Ausgangssignal: Datei (Standard fasta)] [-Diagnosen] [-Log Log Datei]
[-Maxitisten n] [-maxhours n] [-maxmb m] [-html] [-msf] [-clw] [-clwstrict]
[-log[a] Logdatei] [-ruhig] [-stabil] [-Gruppe] [-Ausführung]
BESCHREIBUNG
Diese Handbuchseite dokumentiert kurz die Muskel Befehl.
Muskel richtet Proteinsequenzen aus und gilt als überlegen und schneller als Clustal W.
OPTIONAL
-in Varianten des Eingangssignals: Datei
Pfad zur FASTA-formatierten Eingabedatei
-aus Möglichkeiten für das Ausgangssignal: Datei
Pfad zur Ausgabedatei, standardmäßig FASTA-formatiert
-Diagnosen
Diagonalen finden (schneller für ähnliche Sequenzen)
-Maxitisten n
Maximale Anzahl von Iterationen (Ganzzahl, Standard 16)
-maxhours n
Maximale Iterationszeit in Stunden (Standard: keine Begrenzung)
-maxmb m
Maximal zuzuordnender Speicher in MB (Standard 80 % des RAM)
-html
Ausgabe im HTML-Format schreiben (Standard FASTA)
-msf
Ausgabe im MSF-Format schreiben (Standard-FASTA)
-clw
Ausgabe im Clustal W-Format schreiben (Standard-FASTA)
-clwstrict
Als -clw, mit Header „CLUSTAL W (1.81)“.
-log[a] Logdatei
In Datei protokollieren (bei -loga anhängen, bei -log überschreiben)
-ruhig
Schreiben Sie keine Fortschrittsmeldungen an stderr
-stabil
Ausgabesequenzen in Eingabereihenfolge (Standard ist -group)
-Gruppe
Gruppieren Sie Sequenzen nach Ähnlichkeit (dies ist die Standardeinstellung)
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
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