Dies ist der Befehl Mustang, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Mustang – ein mehrfacher struktureller Ausrichtungsalgorithmus
ZUSAMMENFASSUNG
Mustang [Optionen] Dateien...
BESCHREIBUNG
Diese Handbuchseite dokumentiert kurz die Mustang Befehl.
Mustang ist ein Programm, das einen Algorithmus zur strukturellen Ausrichtung mehrerer implementiert
Proteinstrukturen. Bei einer Reihe von PDB-Dateien verwendet das Programm die räumlichen Informationen in
die Calpha-Atome des Satzes, um eine Sequenzausrichtung zu erzeugen. Basierend auf einem progressiven
Bei der paarweisen Heuristik durchläuft der Algorithmus dann eine Reihe von Verfeinerungsdurchgängen.
Mustang berichtet über die Ausrichtung mehrerer Sequenzen und die entsprechende Überlagerung von
Strukturen.
Um die Befehlszeile kurz zu halten, kann der Benutzer den Pfad und die Dateinamen in eine schreiben
(Beschreibungsdatei) und geben Sie die Beschreibungsdatei in der Befehlszeile mit dem Befehl „-f“ ein.
Möglichkeit. Sehen Sie sich zum Beispiel die Datei an, die zum Testen der Installation verwendet wurde:
'/usr/share/doc/mustang/examples/test_zf-CCHH'.
PATH sollte ein Präfix „>“ haben. Wenn das Programm diese Datei analysiert, sucht es nach der Zeile
beginnend mit dem Symbol „>“ (Leerzeichen vor und nach dem Symbol werden ignoriert). Der Weg
Es folgt eine Datei mit den PDB-Dateien der auszurichtenden Strukturen. Siehe zum Beispiel:
/usr/share/doc/mustang/examples/test_zf-CCHH'.
DATEINAMEN sollten ein Präfix „+“ haben (Leerzeichen vor und nach diesem Symbol werden ignoriert).
Wenn PATH angegeben ist, sollten nach dem „+“-Symbol nur die Dateinamen angegeben werden.
Wenn jedoch die PATH-Zeile NICHT angegeben wird, dann die absoluten/relativen Pfade der Struktur
Dateien sollten bereitgestellt werden.
Das Beschreibungsdateiformat wird weiter unten beschrieben -f CmdLine-Option).
OPTIONAL
Nachfolgend finden Sie eine Zusammenfassung der Optionen.
-p
Pfad zum Verzeichnis, das die auszurichtenden (PDB-)Strukturen enthält.
-i ...
Eingabestrukturen, die ausgerichtet werden sollen. Hinweis: Wenn -p Option wird in der Befehlszeile verwendet,
Geben Sie nur die Dateinamen der Strukturen an. Wenn nicht, geben Sie das Absolute/Relative an
Pfad jeder Eingabestruktur.
-f <Beschreibung Datei>
Diese Option wird verwendet, um die Eingabe des Pfads zu vermeiden (-p) und Dateiname (-i) Details in
die Befehlszeile. Um die Befehlszeile kurz zu halten, kann der Benutzer stattdessen Folgendes eingeben:
Pfad- und Dateinamendetails in einer „Beschreibungsdatei“ und geben Sie diese im Befehl an
Linie. Das Format der „Beschreibungsdatei“ wird im Folgenden näher erläutert
Abschnitt „BESCHREIBUNG“ oben. Hinweis: Die Optionen { -p , -i} und {-f} sind gegenseitig
exklusiv.
-o <Ausgabe Bezeichner>
Eine gemeinsame Kennung für verschiedene Ausgaben des Programms. Passende Erweiterungen
(z.B .html, .pdb, .msf) wird hinzugefügt
Bezeichner abhängig von den Optionen, die der Benutzer in der Befehlszeile angibt.
DEFAULT-Ausgabekennung: „results“
-F
Ausrichtungsausgabeformat. Die Auswahlmöglichkeiten für sind: 'html', 'fasta', ´pir´,
'msf'. STANDARD-Format: 'html'
-D [CA-CA Durchmesser]
Erstellen Sie eine HTML-Datei, in der die Reste in Kleinbuchstaben mit Grau angegeben werden
Hintergrund, wenn der ausgerichtete (überlagerte) CA-CA-Durchmesser der Reste in einer Spalte von
Ausrichtung ist > der CA-CA-Durchmesserschwellenwert.
-s [ / ]
Generieren Sie eine PDB-Datei, die eine optimale Überlagerung aller darauf basierenden Strukturen enthält
die Ausrichtung. STANDARD EIN'.
-r [ / ]
Drucken Sie eine RMSD-Tabelle mit mehreren Überlagerungen zusammen mit Rotationsmatrix und in eine Datei
Übersetzungsvektor, der jeder Eingabestruktur entspricht. STANDARD: „AUS“.
--help Zeigt eine Hilfemeldung an und wird beendet.
--Version
Versionsinformationen ausgeben und beenden.
AUTOREN
Mustang wurde von AS Konagurthu unter Verwendung des Algorithmus von AS Konagurthu geschrieben et al.
(siehe REFERENZ)
HERREN SEITE
Diese Manpage wurde ursprünglich von Morten Kjeldgaard erstellt ([E-Mail geschützt] ) Verwendung der
Information von Mustangs --help-Option.
REFERENCE
AS Konagurthu, J. Whisstock, PJ Stuckey und AM Lesk, MUSTANG: Ein Vielfaches
struktureller Ausrichtungsalgorithmus, Proteine, 64(3) 559 574 (2006).
FEHLER BERICHT
arun AT csse DOT unimelb DOT edu DOT au
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