Dies ist der Befehl NEXUSnormalizer, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
NEXUSnormalizer - schreibt die NEXUS-Datei neu auf den Standard mit konsistenter Einrückung und
Syntax
BESCHREIBUNG
NEXUSnormalizer liest eine Datei und schreibt die Datei mit konsistentem Standard um
Einrückung und Syntax.
Das vor allem warme verbreitet Verwendung is einfach:
NEXUS-Normalisierer
OPTIONAL
-h auf der Befehlszeile zeigt diese Hilfemeldung an
-q NCL-Statusmeldungen beim Lesen von Dateien unterdrücken
-lliest eine Datei und behandelt jede Zeile der Datei als Pfad zur NEXUS-Datei
-a Ausgabe AltNexus (keine Übersetzungstabelle in Bäumen)
-x interne Labels in Bäumen NICHT als Taxa-Labels validieren
-X Behandeln Sie Zahlen in Bäumen NICHT als Taxon-Zahlen, sondern behandeln Sie sie als willkürlich
Etiketten (sollten nicht mit NEXUS-Dateien verwendet werden).
-ssteuert die NEXUS-Strengestufe.
die Standardstufe ist äquivalent zu -s2 Aufruf des Programms mit -s3 oder ein höheres
Zahl wandelt einige Warnungen in schwerwiegende Fehler um. Laufen mit -s1 wird verursachen
der Parser, um gefährliche Konstrukte zu akzeptieren, und läuft mit -s0 wird das dazu führen,
Parser jeden Versuch unternehmen, das Parsen der Datei abzuschließen (Warnung vor sehr ernsten
Fehler).
Beachten Sie das wann -s0 Strenge-Ebene verwendet wird und der Parser nicht beendet wird, es
wird oft das Ergebnis eines früheren Fehlers sein als der Fehler, der in der
letzte Nachricht.
-igibt die Länge der zu erstellenden verschachtelten Seiten an
-fgibt das erwartete Eingabedateiformat an:
-fnexus
NEXUS (dies ist auch die Standardeinstellung)
-faafasta
Aminosäuredaten in Fasta
-fdnafasta
DNA-Daten in Fasta
-frnafasta
RNA-Daten in Fasta
Die vollständige Liste der Formatnamen, die dem folgen können -f Flagge ist:
Verknüpfung
DNAfasta
aafasta
rnafasta
DNAPHILIP
rnaphylip
aaphylip
diskretphylip
dnaphylipinterleaved
rnaphylipinterleaved
aaphylipinterleaved
diskretphylipinterleaved
dnarrelaxedphylip
rrelaxedphylip
aarrelaxedphylip
diskretentspanntphylip
dnarrelaxedphylipinterleaved
rentspanntphylipinterleaved
aarrelaxedphylipinterleaved
diskretentspanntphylipinterleaved
dnaaln
rnaaln
aaaln
Stammbaum
entspanntphyliptree
nexml
DNAfin
aafin
rnafin
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