Dies ist der Befehl ntthal, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
ntthal – Bietet die Ausrichtungsfunktionalität von Primer3 basierend auf dem nächsten Nachbarn
thermodynamischer Ansatz
BESCHREIBUNG
ntthal ist analog zu ntdpal. Zwischen zwei Sequenzen, ntthal findet Ausrichtung/Sek
Struktur, die die höchste Schmelztemperatur aufweist. Ntthal basiert auf dem nächsten Nachbarn
thermodynamischer Ansatz.
ZUSAMMENFASSUNG
ntthal OPTIONAL Oligo
OPTIONAL
-mv monovalent_conc – Konzentration monovalenter Kationen in mM, standardmäßig 50 mM
-dv divalent_conc – Konzentration zweiwertiger Kationen in mM, standardmäßig 0 mM
-n dNTP_conc – Konzentration von Desoxynycleotidtriphosphat in mM, standardmäßig 0
mM
-d dna_conc – Konzentration der DNA-Stränge in nM, standardmäßig 50 nM
-a Modus – Ausrichtungstyp, END1, END2, ANY und HAIRPIN, standardmäßig ANY (wenn
Duplex)
-t temp – Temperatur, bei der Duplex berechnet wird, standardmäßig 37 °C
-r - bewirkt, dass die Ausrichtung NICHT auf stderr angezeigt wird, sondern nur auf Tm
gedruckt
-maxloop Größe – die maximale Größe der Sekundärstrukturschleifen.
Der Standardwert ist 30 (dies ist derzeit die maximal zulässige Länge).
-Pfad - der Pfad zu den thermodynamischen Parameterdateien
-s1 DNA_oligomer
-s2 DNA_oligomer
AUTOREN
Diese Handbuchseite wurde von Andreas Tille erstellt[E-Mail geschützt] > help2man für Debian verwenden
kann aber für jeden anderen Zweck frei verwendet werden
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