Dies ist der Befehl oddcompe, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
oddcomp – Identifizieren Sie Proteine mit einer bestimmten Sequenzwortzusammensetzung
ZUSAMMENFASSUNG
oddcomp -Reihenfolge Fortsetzung -im Ordner im Ordner -volles Fenster Umschalten -Fenster ganze Zahl
-ignorebz boolean -outfile Outfile
oddcomp -Hilfe
BESCHREIBUNG
oddcomp ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) „Protein:Composition“.
OPTIONAL
Eingang Abschnitt
-Reihenfolge Fortsetzung
-im Ordner im Ordner
Dies ist eine Datei im Format der von „compseq“ erzeugten Ausgabe, die zum Festlegen verwendet wird
die minimalen Häufigkeiten von Wörtern in dieser Analyse.
Erforderlich Abschnitt
-volles Fenster Umschalten
Setzen Sie diese Option auf (Y), wenn die Fenstergröße auf die Länge des Fensters eingestellt werden soll
aktuelles Protein. Andernfalls lassen Sie diese Option deaktiviert. In diesem Fall werden Sie dazu aufgefordert
für eine zu verwendende Fenstergröße. Standardwert: N
-Fenster ganze Zahl
Dies ist die Größe des Fensters, in dem gezählt werden soll. Wenn Sie also Frequenzen zählen möchten
Bei einer 40-AA-Strecke sollten Sie hier 40 eingeben. Standardwert: 30
Erweitert Abschnitt
-ignorebz boolean
Der Aminosäurecode B steht für Asparagin oder Asparaginsäure und der Code Z für
Glutamin oder Glutaminsäure. Dies sind keine häufig verwendeten Codes und Sie möchten dies möglicherweise nicht tun
Zählen Sie Wörter, die sie enthalten, und notieren Sie sie einfach bei der Zählung der „anderen“ Wörter. Standard
Wert: Y
Ausgang Abschnitt
-outfile Outfile
Dies ist die Ergebnisdatei.
Nutzen Sie oddcompe online über die Dienste von onworks.net
