phyml – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

phyml – Phylogenetische Schätzung mit Maximum Likelihood

ZUSAMMENFASSUNG:

phyml [Befehlsargumente]

Alle unten aufgeführten Optionen sind optional (außer „-i“, wenn Sie die Befehlszeile verwenden möchten).
Schnittstelle).

Befehlsoptionen:

-i (oder --Eingang) seq_file_name

seq_file_name ist der Name der Nukleotid- oder Aminosäuresequenzdatei in PHYLIP
Format.

-d (oder --Datentyp) Datentyp

Datentyp ist „nt“ für Nukleotid (Standard), „aa“ für Aminosäuresequenzen oder
'generic', (verwenden Sie hier das NEXUS-Dateiformat und den Parameter 'symbols').

-q (oder --sequentiell)

Ändert das verschachtelte Format (Standard) in das sequenzielle Format.

-n (oder --mehrere) nb_data_sets

nb_data_sets ist eine ganze Zahl, die der Anzahl der zu analysierenden Datensätze entspricht.

-p (oder --pars) [] Verwenden Sie einen Startbaum mit minimaler Sparsamkeit. Diese Option wird berücksichtigt
wenn die Option „-u“ fehlt und wenn Änderungen an der Baumtopologie vorgenommen werden sollen.

-b (oder --bootstrap) int

int > 0: int ist die Anzahl der Bootstrap-Replikate.

int = 0: Weder der ungefähre Likelihood-Ratio-Test noch die Bootstrap-Werte sind vorhanden
berechnet.

int = -1: Ungefährer Likelihood-Ratio-Test, der aLRT-Statistiken zurückgibt.

int = -2: Ungefährer Likelihood-Ratio-Test, der einen Chi2-basierten parametrischen Zweig zurückgibt
Unterstützt.

int = -4: (Standard) SH-ähnlicher Zweig unterstützt allein.

-m (oder --Modell) Modell

Modell: Name des Ersatzmodells. - Nukleotid-basierte Modelle: HKY85 (Standard) |
JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | Original (Für die benutzerdefinierte Option eine Zeichenfolge von
Sechs Ziffern identifizieren das Modell. Zum Beispiel 000000)

entspricht F81 (oder JC69, vorausgesetzt die Verteilung der Nukleotidhäufigkeiten ist
Uniform). 012345 entspricht GTR. Diese Option kann zum Codieren beliebiger verwendet werden
Modell, das in GTR verschachtelt ist.

- Aminosäure basierte Modelle: LG (Standard) | WAG | JTT | MtREV | Taghoff | DCMut |
RtREV | CpREV | VT Blosum62 | MtMam | MtArt | HIVw | HIVb | Original

--aa_rate_file Dateinamen

Dateinamen ist der Name der Datei, die die Aminosäuresubstitutionsrate bereitstellt
Matrix im PAML-Format. Diese Option muss zwingend bei der Analyse von Amino . verwendet werden
Säuresequenzen mit dem `benutzerdefinierten' Modell.

-f e, m, oder auch fA,fC,fG,fT

e : Die Zeichenhäufigkeiten werden wie folgt ermittelt:

- Nukleotidsequenzen: (Empirisch) werden die Gleichgewichtsbasenfrequenzen geschätzt
durch Zählen des Vorkommens der verschiedenen Basen in der Ausrichtung.

- Aminosäuresequenzen: (Empirisch) Die Gleichgewichtsaminosäurefrequenzen sind
geschätzt, indem das Vorkommen der verschiedenen Aminosäuren in der Ausrichtung gezählt wird.

m : Die Zeichenhäufigkeiten werden wie folgt ermittelt:

- Nukleotidsequenzen: (ML) Die Gleichgewichtsbasisfrequenzen werden mithilfe geschätzt
maximale Wahrscheinlichkeit

- Aminosäuresequenzen: (Modell) Die Aminosäurefrequenzen im Gleichgewicht sind
anhand der durch das Substitutionsmodell definierten Häufigkeiten geschätzt.

„fA,fC,fG,fT“ : nur gültig für nukleotidbasierte Modelle. fA, fC, fG und fT sind
Gleitkommazahlen, die jeweils den Häufigkeiten von A, C, G und T entsprechen
(ACHTUNG: Verwenden Sie zwischen Ihren Werten der Nukleotidhäufigkeiten keine Leerzeichen,
nur Kommas!)

-t (oder --ts/Fernseher) ts/tv_ratio

ts/tv_ratio : Übergang/Übersetzungsverhältnis. Nur DNA-Sequenzen. Kann ein Fix sein
positiver Wert (zB: 4.0) oder e, um die maximale Wahrscheinlichkeitsschätzung zu erhalten.

-v (oder --pinv) prop_invar

prop_invar: Anteil unveränderlicher Standorte. Kann ein fester Wert in [0,1] sein
range oder e, um die maximale Wahrscheinlichkeitsschätzung zu erhalten.

-c (oder --nklassen) nb_subst_cat

nb_subst_cat : Anzahl der relativen Substitutionsratenkategorien. Standard:
nb_subst_cat=4. Muss eine positive ganze Zahl sein.

-a (oder --Alpha) Gamma

Gamma : Verteilung des Gammaverteilungsformparameters. Kann ein Fix sein
positiver Wert oder e um die Maximum-Likelihood-Schätzung zu erhalten.

-s (oder --Suche) schlauer bewegen

Suchoperationsoption für die Baumtopologie. Kann beides sein NNI (Standard, schnell) oder SPR (a
etwas langsamer als NNI) oder BESTE (Best of NNI- und SPR-Suche).

-u (oder --eingabebaum) user_tree_file

user_tree_file : Dateiname des Startbaums. Der Baum muss im Newick-Format vorliegen.

-o params

Diese Option konzentriert sich auf die spezifische Parameteroptimierung.

params=tlr: Baumtopologie (t), Zweiglänge (l) und Geschwindigkeitsparameter (r).
optimiert.

params=tl: Baumtopologie und Zweiglänge werden optimiert.

params=lr: Zweiglänge und Geschwindigkeitsparameter werden optimiert.

params=l: Zweiglänge wird optimiert.

params=r: Ratenparameter werden optimiert.

params=n: Kein Parameter ist optimiert.

--rand_start

Diese Option setzt den anfänglichen Baum auf zufällig. Es ist nur gültig, wenn SPR-Suchen durchgeführt werden
durchgeführt werden.

--n_rand_starts num

num ist die Anzahl der anfänglichen Zufallsbäume, die verwendet werden sollen. Es ist nur gültig, wenn SPR
Durchsuchungen sind durchzuführen.

--r_seed num

num ist der Startwert, der zum Starten des Zufallszahlengenerators verwendet wird. Muss eine ganze Zahl sein.

--print_site_lnl

Drucken Sie die Wahrscheinlichkeit für jede Site in der Datei *_phyml_lk.txt aus.

--print_trace

Drucken Sie jede während des Baumsuchvorgangs untersuchte PhyLOGeny in einer Datei aus
*_phyml_trace.txt.

--run_id ID_string

Hängen Sie die Zeichenfolge an ID_string am Ende jeder PhyML-Ausgabedatei. Diese Option kann
nützlich sein, wenn Sie Simulationen mit PhyML ausführen.

--ruhig

Keine interaktive Frage (für die Ausführung im Batch-Modus) und leise Ausgabe.

--no_memory_check

Keine interaktive Frage zur Speichernutzung (für die Ausführung im Batch-Modus). Normale Ausgabe
Andernfalls.

--alias_subpatt

Site-Aliasing wird auf der Unterbaumebene verallgemeinert. Manchmal führen sie schneller
Berechnungen. Siehe Kosakovsky Pond SL, Muse SV, Sytematic Biology (2004) für eine
Beispiel.

--boot_progress_display num (Standard=20)

num ist die Häufigkeit, mit der der Bootstrap-Fortschrittsbalken aktualisiert wird. Muss sein
eine ganze Zahl.

PHYLIP-ÄHNLICH INTERFACE

Sie können PhyML auch ohne Argument verwenden. In diesem Fall ändern Sie den Wert eines Parameters um
Geben Sie das entsprechende Zeichen ein, wie auf dem Bildschirm angezeigt.

Beispiele:

DNA-Interleaved-Sequenzdatei, Standardparameter:

phyml -i seqs1

AA-Interleaved-Sequenzdatei, Standardparameter:

phyml -i seqs2 -d aa

AA-Sequenzdatei mit Anpassung:

phyml -i seqs3 -q -d aa -m JTT -c 4 -a e

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