primeDLRS – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

primeDLRS, primeGSRf – Guest-in-Host-Baumabgleichstool

ZUSAMMENFASSUNG

primeDLRS [OPTIONAL] seqfile Hostdatei [gsdatei]

BESCHREIBUNG

Guest-in-Host-Baumabgleichstool, das die Analyse von z. B. Gastbaumtopologien ermöglicht,
Abstimmungseigenschaften und Duplizierungsverlustraten. Basierend auf einem Bayes'schen MCMC-Framework
unter Verwendung des zugrunde liegenden GSR-Modells. Der alte Programmname primeGSRf ist weiterhin als verfügbar
Symlink zu primeDLRS.

1) Die Topologie des Gastbaums und seine Divergenzzeiten werden mit einer Duplikation modelliert.
Verlustprozess gemäß dem Gene Evolution Model (GEM).

2) Die Sequenzentwicklung wird mit einem benutzerdefinierten Substitutionsmodell modelliert.

3) Variation der Sequenzentwicklungsrate über Gastbaumkanten (entspannte molekulare Uhr)
werden mit iid-Werten aus einer vom Benutzer ausgewählten Verteilung modelliert.

4) Die Variation der Sequenzentwicklungsrate über Standorte (Positionen) wird entsprechend modelliert
eine diskretisierte Gammaverteilung.

Die Implementierung verwendet eine Diskretisierung des Hostbaums, um ihre Berechnungen durchzuführen.
Bitte überprüfen Sie die verfügbaren Optionen, da Sie die Standardeinstellungen ändern müssen. Option -r
kann nützlich sein, um numerische Probleme aufgrund der Skalierung zu vermeiden.

seqfile ist eine Datei mit ausgerichteten Sequenzen für Gastbaumblätter.

Hostdatei ist eine PrIME Newick-Datei mit Hostbaum inkl. Divergenzzeiten. Blätter müssen haben
Zeit 0 und Wurzel haben Zeit > 0.

gsdatei ist eine durch Tabulatoren getrennte Datei, die die Blätter des Gastbaums mit den Blättern des Gastbaums in Beziehung setzt, sofern keine Informationen vorhanden sind
enthalten in Hostdatei.

OPTIONAL

-h, -u, -?
Hilfe anzeigen (diesen Text).

-o FILE
Name der Ausgabedatei. Standardmäßig ist stderr.

-s UNSIGNED_INT
Startwert für Pseudozufallszahlengenerator. Standardmäßig wird ein zufälliger Startwert verwendet.

-i UNSIGNED_INT
Anzahl der Iterationen. Standardmäßig ist .

-t UNSIGNED_INT
Ausdünnung, also jede Probe probieren -te Iteration. Standardmäßig ist .

-w UNSIGNED_INT
Geben Sie alle Diagnosen an stderr aus -te Probe. Standardmäßig ist .

-q Keine Diagnose ausgeben. Standardmäßig nicht leise.

-m MCMC|PDHC|PD
Ausführungstyp (MCMC, Bergsteigen mit hinterer Dichte von Anfangswerten oder einfach
anfängliche hintere Dichte). Standardmäßig ist .

-Sm UniformAA|JC69|F81|JTT|UniformCodon|ArveCodon
Substitutionsmodell. standardmäßig.

-So DNA|Aminosäure|Codon
...float(n*(n-1)/2)>
Benutzerdefiniertes Substitutionsmodell. Die Größe von Pi und R muss zum Datentyp passen (DNA: n=4,
Aminosäure: n=20, Codon: n=62). R wird als abgeflachte obere Dreiecksmatrix angegeben.
Verwenden Sie nicht beide Optionen -Su und -Sm.

-Sn UNSIGNED_INT
Anzahl der Schritte der diskretisierten Gamma-Verteilung für die Sequenzentwicklungsrate
Variation über Standorte. Standardmäßig ist (keine Variation).

-Ed Gamma|InvG|LogN|Uniform
Verteilung der Variation der iid-Sequenzentwicklungsrate über Gastbaumkanten.
Der Standardwert ist (nicht zu verwechseln mit -Sn).

-Ep FLOAT FLOAT
Anfänglicher Mittelwert und Varianz der Sequenzentwicklungsrate. Standardmäßig wird eine einfache Regel verwendet.
Miniaturansicht basierend auf den Zeiten des Wirtsbaums.

-Ef Fixieren Sie den Mittelwert und die Varianz der Sequenzentwicklungsrate. Standardmäßig nicht festgelegt.

-Gi FILE
Dateiname mit anfänglicher Gastbaumtopologie.

-Gg Korrigieren Sie die anfängliche Topologie des Gastbaums, dh führen Sie keinen Zweigaustausch durch. Nicht behoben von
default.

-Gl Korrigieren Sie die anfänglichen Kantenlängen des Gastbaums (zusätzlich zur Topologie), dh korrigieren Sie die Kante
Längen. Standardmäßig nicht festgelegt.

-Bp FLOAT FLOAT
Anfängliche Duplizierungs- und Verlustraten. Standardmäßig ist und .

-Bf Korrigieren Sie anfängliche Duplikat- und Verlustraten. Standardmäßig nicht festgelegt.

-Bt FLOAT
Zeitspanne der Kante über der Wurzel im Hostbaum überschreiben. Wenn der Wert <=0 ist, ist die Spanne
wird auf die Wurzel-zu-Blatt-Zeit eingestellt. Standardmäßig wird der Wert in der Host-Baumdatei verwendet.
Siehe auch Option -Dtt.

-Dt FLOAT
Ungefährer Diskretisierungszeitschritt. Auf 0 setzen, um jede Kante in gleich viele zu teilen
Teile (siehe -Di). Standardmäßig ist . Siehe -Dtt für Kante über Wurzel.

-Di UNSIGNED_INT
Mindestanzahl von Teilen, in die jede Kante geschnitten werden soll. Wenn -Dt auf 0 gesetzt ist, wird dies zum
genaue Anzahl der Teile. Mindestens 2. Standardmäßig ist . Siehe -Dtt für Kante über Wurzel.

-Dtt UNSIGNED_INT
Überschreiben Sie die Anzahl der Diskretisierungspunkte für die Kante über der Wurzel im Hostbaum. Von
Standardmäßig ist dies unabhängig von der Zeitspanne auf die Anzahl der Punkte für a eingestellt
(hypothetische) Wurzel-zu-Blatt-Kante

-r Skalieren Sie den Hostbaum neu, sodass die Wurzel-zu-Blatt-Zeit 1.0 beträgt. Alles abgeleitet
Die Parameter beziehen sich auf die neue Skala. Standardmäßig deaktiviert. Beachten Sie diese Diskretisierung
Parameter werden NICHT neu skaliert.

-Z Verstrichene Wandzeit und CPU-Zeit nicht drucken

-W Drucken Sie die Befehlszeile nicht aus

-Debug-Informationen
Sonstiges anzeigen Informationen vor der Iteration an stderr senden. Wird standardmäßig nicht angezeigt.

EXIT STATUS

0 Erfolgreiche Programmausführung.

1 Ein Fehler ist aufgetreten

URL

Die prime-phylo-Homepage: http://prime.sbc.su.se

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