Dies ist der Befehl proftmb, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
proftmb - Pro-Rest-Vorhersage von bakteriellen Transmembran-Beta-Fässern
ZUSAMMENFASSUNG
proftmb [Optionen]
BESCHREIBUNG
proftmb sagt bakterielle Transmembran-Beta-Fässer aus der Sequenz unter Verwendung des Profil-Feeds voraus
Hidden-Markov-Modelle (HMM).
Ausgang Format
Selbstanmerkung. Vorhersagebuchstaben: 'i' - innerhalb des Zytoplasmas, 'O' - außerhalb des Zytoplasmas,
'U' - nach oben (an der Kette, die sich aus dem Zytoplasma herausbewegt), 'D' - nach unten (an der Kette, die sich in das Zytoplasma bewegt).
Referenzen
Bigelow, H. und Rost, B. (2006). PROFtmb: ein Webserver zur Vorhersage von Bakterien
transmembrane Beta-Barrel-Proteine. Nucleic Acids Res, 34 (Webserver-Ausgabe), W186-8.
Zu aufrufen Menü Art:
proftmb --Speisekarte
Die Optionen sind:
-d, --directory-root
Root-Pfad, in dem Dateien (Optionen -s,-r,-l,-a,-e,-t,-u,-z,-n) wohnen
-a, --reduction-state-decode
Zustandsreduktion zur Dekodierung
-b, --reduktion-zustandsbericht
staatliche Reduzierung für die Berichterstattung
-m, --membrane-strang-states
Liste der Membranstrangzustände
-z, --z-Kurvendatei
Datei mit Mittelwerten und SD's bei ganzzahligen Längenwerten
-x, --z-kalibrierungskurve
Datei-Mapping-Abdeckung und Genauigkeitswerte zu Z-Scores
-n, --null-Frequenz
Hintergrundfrequenzdatei
-c, --minimal-score-cutoff
minimaler Z-Score für die Vorhersage pro Rückstand
-o, --outfile-präfix
Ausgabedateipräfix für die drei generierten Dateien: PREFIX_dat.txt,
PREFIX_proftmb_pretty.txt PREFIX_proftmb_tabular.txt
-s, --statische-Modelldaten
Daten, die die Modellarchitektur repräsentieren
-t, --trainierte-params
Parameter, die die codierten Trainingsdaten darstellen
-q, --test-blastQ-Datei-oder-Verzeichnis
Psiblast-Profil (-Q) oder Verzeichnis (vollständiger Pfadname oder relativ zum aktuellen Verzeichnis)
mit vielen Profilen
-w, --single-sequence-name
if -q Option zeigt auf eine einzelne Datei, dies ist der Name
-v, --list-blastQ-Dateien
Liste der zu verarbeitenden Psiblast-Dateien im Verzeichnis (leer lassen, um alle Dateien zu verarbeiten)
--outfile-hübsch
hübsche Ausgabedatei (überschreibt den automatischen Namen PREFIX_proftmb_pretty.txt)
--outfile-tab
tabellarische Ausgabedatei (überschreibt den automatischen Namen
PREFIX_proftmb_tabular.txt)
--outfile-dat
Datenausgabedatei (überschreibt den automatischen Namen PREFIX_dat.txt)
--Version
Versionsinformationen ausgeben und beenden
--ruhig
Sei ruhig
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