Dies ist die Befehlspropka, die beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
propka – Protonieren Sie PDB-Dateien basierend auf pKa
ZUSAMMENFASSUNG
propka PROPKATMP1
BESCHREIBUNG
propka automatisiert die Protonierung (Positionierung von Wasserstoffionen) zu einer Struktur in PDB
Format für einen bestimmten pKa-Wert. Die zu verwendende Datei muss in der Datei PROPKATMP1 heißen
Verzeichnis, in dem Propka ausgeführt wird.
propka generiert zwei Ausgabedateien mit den Namen PROPKATMP2 und PROPKATMP3. PROPKATMP2
enthält die resultierende Struktur im PDB-Format. PROPKATMP3 enthält eine Zusammenfassung der
propka laufen.
ZITIEREN PROPKA
Bitte bestätigen Sie Ihre Verwendung von propka unter Berufung auf:
Hui Li, Andrew D. Robertson und Jan H. Jensen: Sehr schnelle empirische Vorhersage und
Interpretation of Protein pKa Values, Proteins, 2005, 61, 704-721.
WEB Dienst
PropKa kann über eine Weboberfläche unter genutzt werden http://propka.ki.ku.dk/.
Nutzen Sie Propka online über die Dienste von onworks.net
