Dies ist der Befehlspymol, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
pymol - kostenloses und flexibles molekulares Grafik- und Modellierungspaket
ZUSAMMENFASSUNG
Pymol [Optionen] [Dateien]
BESCHREIBUNG
Im Laufe der Jahre hat sich PyMOL zu einem leistungsfähigen molekularen Viewer mit Unterstützung für Animationen,
hochwertiges Rendering, Kristallographie und andere gängige molekulare Grafikaktivitäten.
Es wurde von vielen Hunderten (vielleicht sogar Tausenden) von Wissenschaftlern, die über das ganze Land verteilt sind, übernommen
dreißig Länder. PyMOL ist jedoch noch in Arbeit, mit Entwicklung
wird voraussichtlich noch Jahre andauern.
OPTIONAL
Diese Optionen werden derzeit unterstützt:
-2 Starten Sie im Zwei-Tasten-Mausmodus.
-c Befehlszeilenmodus, keine GUI. Für Batch-Operationen.
-d Schnur
Führen Sie die pymol-Befehlszeichenfolge beim Start aus.
-e Starten Sie im Vollbildmodus.
-f #Leitung
Steuert die Anzeige von Befehlen und Feedback in OpenGL (0=WOW!).
-g Datei.png
Schreiben Sie eine PNG-Datei (nach Auswertung der vorherigen Argumente)
-i Deaktivieren Sie die interne OpenGL-GUI (Objektliste, Menüs usw.)
-l file.py
Generieren Sie ein Python-Programm in einem neuen Thread.
-o Deaktivieren Sie den Sicherheitsschutz für Sitzungsdateien.
-p Hören Sie auf Befehle bei der Standardeingabe.
-q Ruhiger Start. Unterdrücken Sie den Begrüßungsbildschirm und anderes Geschwätz.
-r file.py
Führen Sie ein Python-Programm aus (in __Haupt-__) beim Start.
-s Skript
Speichern Sie Befehle in diesem PyMOL-Skript oder in dieser Programmdatei.
-t Verwenden Sie ein Tcl/Tk-basiertes externes GUI-Modul (pmg_tk).
-u Skript
Laden Sie dieses PyMOL-Skript oder die Programmdatei und hängen Sie es an.
-x Deaktivieren Sie das externe GUI-Modul.
-B Blue-Line-Stereosignal aktivieren (für Mac-Stereo)
-G Starten Sie im Spielmodus.
-M Mono erzwingen, auch wenn Hardware-Stereo vorhanden ist.
-R Starten Sie den XMLRPC-Listener von Greg Landrum.
-S Erzwingen und starten Sie in Stereo, wenn möglich.
-X int -Y int -W int -H int -V int
Fenstergeometrie anpassen.
Alle Dateien bereitgestellt wird geladen oder ausgeführt, nachdem PyMOL gestartet wird. Sie können einen der
folgende Erweiterungen:
.pml PyMOL-Befehlsskript, das beim Start ausgeführt werden soll
.py[cm] Python-Programm, das beim Start ausgeführt werden soll
Datei im .pdb-Proteindatenbank-Format, die beim Start geladen werden soll
.mmod Macromodel-Format, das beim Start geladen werden soll
.mol MDL MOL-Datei, die beim Start geladen werden soll
.sdf MDL SD-Datei, die beim Start geparst und geladen werden soll
.xplor X-PLOR Map-Datei (ASCII), die beim Start geladen werden soll
.ccp4 CCP4-Zuordnungsdatei (BINÄR), die beim Start geladen werden soll
.cc[12] ChemDraw 3D kartesische Koordinatendatei
.pkl Eingelegtes ChemPy-Modell (Klasse "chempy.model.Indiziert")
.r3d Raster3D-Datei
.cex CEX-Datei (Metaphorik)
.top AMBER-Topologiedatei
.crd AMBER Koordinatendatei
.rst AMBER Neustartdatei
.trj AMBER Flugbahn
.pse PyMOL-Sitzungsdatei
.phi Delphi/Grasp Elektrostatische Potenzialkarte
Für eine Liste der Optionen können Sie auch Folgendes in die Befehlszeile von . eingeben Pymol:
Hilfe Start
BEFEHLE
Weitere Informationen finden Sie in der PyMols Online-Dokumentation unter
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category: Befehle oder seine interne Hilfe für einen Befehl
Referenz.
Verwenden Sie pymol online mit den onworks.net-Diensten
