re-PCR - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

re-PCR — Finden Sie sequenzgetaggte Stellen (STS) in DNA-Sequenzen

ZUSAMMENFASSUNG

erneute PCR [-hV] -p Hash-Datei [-G Lücken] [-N mism] [-lq] [Grundierung ...]

erneute PCR [-hV] -P Hash-Datei [-G Lücken] [-N mism] [-l] [-M Rand] [-O+|-] [-C Batchcnt] [-oder
Outfile] [-r+|-] [Primer-Datei ...]

erneute PCR [-hV] -s Hash-Datei [-G Lücken] [-N mism] [-lq] [-M Rand] [-oder Outfile] [-r+|-] [links
Recht Lo Hallo] [...]]

erneute PCR [-hV] -S Hash-Datei [-G Lücken] [-N mism] [-lq] [-M Rand] [-O+|-] [-C Batchcnt] [-oder
Outfile] [-r+|-] [stsfile ...]

BESCHREIBUNG

Implementiert die umgekehrte Suche (Reverse e-PCR genannt), um die Suche nach den
menschliche Genomsequenz und andere große Genome durch Durchführen von STS- und Primersuchen.

OPTIONAL

-p=Hash-Datei
Führen Sie eine Primer-Suche mit einer Hash-Datei durch

-P=Hash-Datei
Führen Sie eine Primer-Suche mit einer Hash-Datei durch

-s=Hash-Datei
STS-Suche mit Hash-Datei durchführen

-S=Hash-Datei
STS-Suche mit Hash-Datei durchführen

-n=gleich Legen Sie die maximal zulässigen Nichtübereinstimmungen pro Primer für die Suche fest

-g=Lücken Legen Sie die maximal zulässigen Indel pro Primer für die Suche fest

-m=Marge Stellen Sie die Variabilität für die STS-Größe für die Suche ein

-l Vordefinierte Ausrichtungen verwenden (nur wenn Lücken>0)

-G Ausrichtungen in Kommentaren drucken

-d=Minimal Maximal
Standard-STS-Größe festlegen

-r=+|- Reverse-STS-Suche aktivieren/deaktivieren

-O=+|- Aktivieren/Deaktivieren der Systemaufrufoptimierung

-C=Batchcnt
Legen Sie die Anzahl der STSs pro Batch fest

-o=Outfile
Ausgabedateinamen festlegen

-q Leise (keine Fortschrittsanzeige)

BEISPIEL

famap -tN -b genom.famap org/chr_*.fa

fahash -b genom.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap

re-PCR -s genom.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200

Weitere Informationen finden Sie auch in den famap(1) und fahash(1)

Verwenden Sie die erneute PCR online mit den onworks.net-Diensten