Dies ist der Befehl run_mappers, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
run_mappers - Führen Sie einen Read-Mapper aus, um Reads auf Referenzgenome abzubilden
ZUSAMMENFASSUNG
run_mapper NAMEN LESEN -i REF -o OUT -m MAPPER
BESCHREIBUNG
Führen Sie einen Read-Mapper aus, um Reads Referenzgenomen zuzuordnen.
Die Namen in der NAMES-Datei werden in die bereitgestellten Zeichenfolgenmuster eingefügt. Jedes Muster
muss genau einen "%s"-Platzhalter enthalten (Python-String-Formatierung).
OPTIONAL
NAMEN Dateiname der Namensdatei; Die Datei mit den Klartextnamen sollte einen Namen pro enthalten
Leitung. Der Name wird im gesamten Algorithmus als Bezeichner verwendet.
LESEN Datei mit den abzubildenden Lesevorgängen.
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
-m KARTE, - Mapper=MAPPER
Kennung des Mappers definiert in core/tools.py [Standard: keine]
-i REF, --Index=REF
Muster, das auf die Referenzsequenzen/Indizes verweist, wenn es mit einem Namen verwendet wird.
Platzhalter für den Namen ist "%s". [Standard: ./ref/%s.fasta]
-o AUS, --Ausgabe=OUT
Muster, das auf die Ausgabe-SAM-Datei verweist, wenn es mit einem Namen verwendet wird. Platzhalter für
der Name ist "%s". [Standard: ./SAM/%s.sam]
Verwenden Sie run_mappers online mit den onworks.net-Diensten
