Dies ist der Befehl seqfragglee, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
seqfraggle – Entfernt Fragmentsequenzen aus DHF-Dateien.
ZUSAMMENFASSUNG
seqfraggle -dhfinpath dirliste -dreschen ganze Zahl -dhfoutdir draußen
seqfraggle -Hilfe
BESCHREIBUNG
seqfraggle ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Protein:3D-Struktur".
OPTIONAL
Eingang Abschnitt
-dhfinpath dirliste
Diese Option gibt den Speicherort von DHF-Dateien (Domänentrefferdateien) oder anderen Sequenzen an
Dateien (Eingabe). Eine „Domänentrefferdatei“ enthält Datenbanktreffer (Sequenzen) mit Domäne
Klassifizierungsinformationen im FASTA- oder EMBL-Format. Die Treffer sind mit einem SCOP verwandt
oder CATH-Familie und werden durch eine Suche in einer Sequenzdatenbank gefunden. Dateien enthalten
Von PSIBLAST abgerufene Treffer werden mithilfe von SEQSEARCH generiert. Alternativ SEQFRAGGLE
akzeptiert Sequenzen oder Sequenzsätze in allen gängigen Formaten. Standardwert: ./
Erforderlich Abschnitt
-dreschen ganze Zahl
Diese Option gibt den Prozentsatz der mittleren Länge für die Definition von Fragmenten an.
SEQFRAGGLE ermittelt zunächst die mittlere Länge aller Sequenzen in der Eingabedatei.
verwirft dann alle Treffersequenzen, die nicht innerhalb eines Schwellenwertprozentsatzes liegen
mittlere Länge. Die restlichen Sequenzen werden in die Ausgabedatei geschrieben. Standardwert:
50
Ausgang Abschnitt
-dhfoutdir draußen
Diese Option gibt den Speicherort der DHF-Dateien (Domänentrefferdateien) (Ausgabe) an. A
„Domänentrefferdatei“ enthält Datenbanktreffer (Sequenzen) mit Domänenklassifizierung
Informationen im FASTA- oder EMBL-Format. Die Treffer sind Verwandte einer SCOP- oder CATH-Familie
und werden durch eine Suche in einer Sequenzdatenbank gefunden. Dateien mit Treffern, die von abgerufen wurden
PSIBLAST werden mithilfe von SEQSEARCH generiert. Alternativ schreibt SEQFRAGGLE die Ausgabe
Dateien in einem der gängigen Formate. Standardwert: ./
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