Dies ist die Befehlsfolge, die beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
seqwords – Erzeugt DHF-Dateien aus der Schlüsselwortsuche von UniProt.
ZUSAMMENFASSUNG
Folgewörter -keyfile im Ordner -spfile im Ordner -outfile Outfile
Folgewörter -Hilfe
BESCHREIBUNG
Folgewörter ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Protein:3D-Struktur".
OPTIONAL
Eingang Abschnitt
-keyfile im Ordner
Diese Option gibt den Namen der Schlüsselwortdatei (Eingabe) an. Dies enthält eine Liste von
Schlüsselwörter, die für eine Reihe von SCOP- oder CATH-Familien und -Überfamilien spezifisch sind und von verwendet werden
SEQWORDS zum Durchsuchen einer Sequenzdatenbank.
-spfile im Ordner
Diese Option gibt den Namen der zu durchsuchenden Sequenzdatenbank (Eingabe) an.
Ausgang Abschnitt
-outfile Outfile
Diese Option gibt den Namen der DHF-Datei (Domänentrefferdatei) (Ausgabe) an. Eine 'Domäne
Trefferdatei‘ enthält Datenbanktreffer (Sequenzen) mit Domänenklassifizierungsinformationen,
im DHF-Format (FASTA-ähnlich). Die Treffer sind Verwandte einer SCOP- oder CATH-Familie (bzw
(anderer Knoten in den Strukturhierarchien) und werden bei der Suche nach einer Sequenz gefunden
Datenbank. Dateien mit von PSIBLAST abgerufenen Treffern werden mithilfe von generiert
SEQSEARCH, Treffer, die von einem Protein mit geringer Dichte abgerufen werden, werden mithilfe von SIGSCAN oder anderen Methoden abgerufen
HMM- und Profiltypen mithilfe von LIBSCAN. Standardwert: test.hits
Verwenden Sie seqwordse online über die Dienste von onworks.net