sfetch – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

sfetch – Holen Sie sich eine Sequenz aus einer Flatfile-Datenbank.

ZUSAMMENFASSUNG

holen [Optionen] seqname

BESCHREIBUNG

holen ruft die benannte Sequenz ab seqname aus einer Sequenzdatenbank.

Welche Datenbank verwendet wird, wird von gesteuert -d und -D Optionen oder "kleine Datenbanken" und
„große Datenbanken“. Der Verzeichnisspeicherort von „großen Datenbanken“ kann durch angegeben werden
Umgebungsvariablen wie $SWDIR für Swissprot und $GBDIR für Genbank (siehe -D für
vollständige Liste). Für „kleine Datenbanken“ muss ein vollständiger Dateipfad angegeben werden. Von
Standardwert, wenn keine Option angegeben ist und der Name wie eine Swissprot-Kennung aussieht
(z. B. ein _-Zeichen), wird die Umgebungsvariable $SWDIR verwendet, um dies zu versuchen
Rufen Sie die Sequenz ab seqname von Swissprot.

Es stehen zahlreiche weitere Optionen zur Verfügung, die das Abrufen von Teilsequenzen ermöglichen (-f,-t);
Abruf anhand der Zugangsnummer statt anhand des Namens (-a); Neuformatierung der extrahierten Sequenz
in eine Vielzahl anderer Formate (-F); usw.

Wenn die Datenbank SSI-indiziert wurde, ist der Sequenzabruf äußerst effizient.
Andernfalls kann der Abruf sehr langsam sein (möglicherweise muss die gesamte Datenbank in den Speicher eingelesen werden).
zu finden seqname). Die SSI-Indizierung wird für alle großen oder permanenten Datenbanken empfohlen. Der
Programm sindex erstellt SSI-Indizes für jede Sequenzdatei.

holen wurde ursprünglich benannt getseq, und wurde umbenannt, weil es mit einem GCG-Programm kollidierte
mit dem gleichen Namen.

OPTIONAL

-a Interpretieren seqname als Zugangsnummer, nicht als Kennung.

-d
Rufen Sie die Sequenz aus einer Sequenzdatei mit dem Namen ab . Wenn ein GSI-Index
.gsi vorhanden ist, dient es dazu, den Abruf zu beschleunigen.

-f
Extrahieren Sie eine Teilsequenz beginnend an der Position , statt von 1. Siehe -T.
If größer ist als (wie von der -t Option), dann die Sequenz
wird als sein umgekehrtes Komplement extrahiert (es wird angenommen, dass es sich um eine Nukleinsäuresequenz handelt).

-h Kurze Hilfe ausdrucken; enthält Versionsnummer und Zusammenfassung aller Optionen, einschließlich
Expertenoptionen.

-o
Leiten Sie die Ausgabe in eine Datei mit dem Namen . Standardmäßig erfolgt die Ausgabe an
stdout.

-r
Benennen Sie die Sequenz um in der Ausgabe nach der Extraktion. Standardmäßig ist die
Die ursprüngliche Sequenzkennung würde beibehalten. Nützlich zum Beispiel beim Apportieren
ein Sequenzfragment; Die Koordinaten des Fragments können dem Namen hinzugefügt werden
(Das ist es, was Pfam macht).

-t
Extrahieren Sie eine Teilsequenz, die an der Position endet , und nicht am Ende des
Reihenfolge. Sehen -F. If weniger als (wie von der -f Möglichkeit),
dann wird die Sequenz als ihr umgekehrtes Komplement extrahiert (es wird angenommen, dass es so ist).
Nukleinsäuresequenz)

-D
Rufen Sie die Sequenz codiert aus der Hauptsequenzdatenbank ab . Für jeder
Code, dort is an -Umgebung Variable, die den Verzeichnispfad dazu angibt
Datenbank. Erkannte Codes und ihre entsprechenden Umgebungsvariablen sind -Dsw
(Swissprot, $SWDIR); -Dpir (PIR, $PIRDIR); -Dem (EMBL, $EMBLDIR); -Dgb (Genbank,
$GBDIR); -Dwp (Wormpep, $WORMDIR); Und -Dowl (OWL, $OWLDIR). Jede Datenbank wird gelesen
im nativen Flatfile-Format.

-F
Formatieren Sie die extrahierte Sequenz in ein anderes Format. (Standardmäßig ist die Reihenfolge
wird im gleichen Format wie die Datenbank aus der Datenbank extrahiert.) Verfügbar
Formate sind Emblem, Fasta, Genbank, gcg, Läufer, Zuker, ich G, Pir, Tintenfisch, und roh.

EXPERTISE OPTIONAL

--informatieren
Geben Sie an, dass die Sequenzdatei das Format hat , anstelle des standardmäßigen FASTA
Format. Gängige Beispiele sind Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
oder PHYLIP; eine vollständige Liste der akzeptierten Formate finden Sie in der gedruckten Dokumentation
Namen. Diese Option überschreibt das Standardformat (FASTA) und die -B Babelfish
automatische Erkennungsoption.

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