show-diff - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

show-diff - Diff-Informationen anzeigen (Teil des Mummer-Pakets)

ZUSAMMENFASSUNG

zeige-diff [Optionen]

BESCHREIBUNG

-f Diff-Informationen als AMOS-Funktionen ausgeben

-h Hilfeinformationen anzeigen

-H Kopfzeile nicht anzeigen

-q Diff-Informationen für Abfragen anzeigen

-r Diff-Informationen für Referenzen anzeigen (Standard)

Gibt eine Liste der Strukturunterschiede für jede Sequenz in der Referenz und Abfrage aus,
nach Positionen sortiert. Für eine Referenzsequenz R und ihre passende Abfragesequenz Q gilt:
Unterschiede werden kategorisiert als GAP (Lücke zwischen zwei gegenseitig konsistenten Ausrichtungen), DUP
(inserierte Duplikation), BRK (andere eingefügte Sequenz), JMP (Umlagerung), INV
(Umordnung mit Inversion), SEQ (Umordnung mit einer anderen Sequenz). Die ersten fünf
Spalten der Ausgabe sind Seq-ID, Feature-Typ, Feature-Start, Feature-Ende und Feature
Länge. Je nach Feature-Typ werden zusätzliche Spalten hinzugefügt. Negative Eigenschaft
Längen zeigen überlappende benachbarte Ausrichtungsblöcke an.

IDR GAP Gap-Start Gap-End Gap-Länge-R Gap-Länge-Q Gap-Diff

IDR DUP Dup-Start Dup-End Dup-Länge

IDR BRK Lückenanfang Lückenende Lückenlänge

IDR JMP Gap-Start Gap-End Gap-Länge

IDR INV Gap-Start Gap-End Gap-Länge

IDR SEQ Gap-Start Gap-End Gap-Länge Prev-Sequence Next-Sequence

Positionen verweisen immer auf die Sequenz mit der angegebenen ID. Die Summe der fünften Spalte
(negative Werte werden ignoriert) ist die Gesamtmenge der eingefügten Sequenz. Die fünfte zusammenfassend
Spalte nach dem Entfernen von DUP-Features ist die gesamte eindeutige eingefügte Sequenz. Beachten Sie, dass nicht ausgerichtet
Sequenzen werden nicht gezählt und könnten zusätzliche "einzigartige" Sequenzen darstellen. Sehen
Dokumentation für Tipps zur Interpretation dieser Ausrichtungsunterbrechungsfunktionen.

Verwenden Sie show-diff online mit den onworks.net-Diensten