Dies ist der Befehlssubjunc, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
subjunc – ein RNA-seq-Aligner, der für alle Zwecke der RNA-seq-Analyse geeignet ist
ANWENDUNG
Subjunk [Optionen] -i -r -o
Erforderliche Argumente:
-i
Basisname des Index.
-r
Name der Eingabedatei. Eingabeformate einschließlich gzipped fastq, fastq und fasta can
automatisch erkannt werden. Bei Paired-End sollte hier der Name der Datei angegeben werden
einschließlich der ersten Lesungen.
Optionale Argumente:
-o
Name der Ausgabedatei. Die Ausgabe erfolgt standardmäßig im BAM-Format.
-n
Anzahl der ausgewählten Subreads, standardmäßig 14.
-m
Konsensschwelle für das Melden eines Treffers (minimale Anzahl von Subreads, die zugeordnet werden)
Konsens) . Bei Paired-End gibt dies den Konsens-Schwellenwert für den Anker-Read an.
1 standardmäßig
-M
Geben Sie die maximale Anzahl nicht übereinstimmender Basen an, die im Alignment zulässig sind. 3 von
Ursprünglich. Nichtübereinstimmungen in Softclipped-Basen werden nicht gezählt.
-T
Anzahl der verwendeten CPU-Threads, standardmäßig 1
-I
Maximale Länge (in bp) von Indels, die erkannt werden können. 5 standardmäßig. Das Programm
kann Indels mit einer Länge von bis zu 200 bp erkennen.
-B
Maximale Anzahl der zu meldenden gleichermaßen besten Kartierungsstandorte. 1 standardmäßig. Notiz
zur Abwicklung, Integrierung, Speicherung und -u Option hat Vorrang -B.
-P <3: 6>
Format der in Eingabedateien verwendeten Phred-Scores: „3“ für phred+33 und „6“ für phred+64.
Standardmäßig „3“.
-u Melden Sie nur eindeutig zugeordnete Lesevorgänge. Die Anzahl der nicht übereinstimmenden Basen wird verwendet, um das zu brechen
binden.
-b Konvertieren Sie Farbraum-Lesebasen in Basisraum-Lesebasen in der Mapping-Ausgabe. Notiz
dass die Lesezuordnung im Farbraum durchgeführt wird.
--SAMinput
Eingabelesevorgänge sind im SAM-Format.
--BAMinput
Eingabelesevorgänge sind im BAM-Format.
--SAM-Ausgabe
Mapping-Ergebnis im SAM-Format speichern.
--trimm5
Abschneiden Anzahl der Basen vom 5'-Ende jedes Reads. 0 standardmäßig.
--trimm3
Abschneiden Anzahl der Basen vom 3'-Ende jedes Reads. 0 standardmäßig.
--rg-id
Lesegruppen-ID zur Ausgabe hinzufügen.
--rg
Hinzufügen in den Header der Lesegruppe (RG) in der Ausgabe.
--DPGapOpen Strafe für Lückenöffnung bei Short-Indel-Erkennung. -1 by
default.
--DPGapExt
Strafe für Gap-Erweiterung bei Short-Indel-Erkennung. 0 standardmäßig.
--DPMismatch Strafe für Nichtübereinstimmungen bei der Short-Indel-Erkennung. 0 von
default.
--DPMatch
Score für übereinstimmende Basen bei der Short-Indel-Erkennung. 2 standardmäßig.
--allJunctions
Erkennen Sie Exon-Exon-Verbindungen (sowohl kanonische als auch nicht-kanonische Verbindungen) und
Strukturvarianten in RNA-seq-Daten. Informationen zu Berichten finden Sie im Benutzerhandbuch
Verbindungen und Fusionen.
--complexIndels
Erkennen Sie mehrere kurze Indels, die gleichzeitig in einer kleinen Genomregion auftreten
(diese Indels könnten bis zu 1 bp auseinander liegen).
-v Ausgabeversion des Programms.
Optionale Argumente für Paired-End-Lesevorgänge:
-R
Name der Datei einschließlich zweiter Lesevorgänge.
-p
Konsensschwelle für den Nicht-Anchor-Read (er erhält weniger Stimmen als der Anchor .)
vom gleichen Paar gelesen). 1 standardmäßig.
-d
Mindestlänge von Fragmenten/Einfügungen, standardmäßig 50 bp.
-D
Maximale Fragment-/Einfügelänge, standardmäßig 600 bp.
-S
Ausrichtung des ersten und zweiten Lesevorgangs, standardmäßig 'fr' (vorwärts/rückwärts).
Eine detaillierte Beschreibung der Argumente finden Sie im Benutzerhandbuch.
Verwenden Sie Subjunc online über die Dienste von onworks.net
