Dies ist der Befehl Velvetoptimiser, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Velvetoptimiser – Velvet Do-Novo-Montageparameter automatisch optimieren
ZUSAMMENFASSUNG
Samtoptimierer [Optionen] -f 'samt Varianten des Eingangssignals: Linie'
BESCHREIBUNG
VelvetOptimiser ist ein Multithread-Perl-Skript zur automatischen Optimierung der drei
primäre Parameteroptionen (K, -exp_cov, -cov_cutoff) für die Velvet-De-novo-Sequenz
Assembler.
OPTIONAL
--help Diese Hilfe.
--Version!
Drucken Sie die Version auf stdout und beenden Sie sie. (Standard '0').
--v|verbose+
Ausführliche Protokollierung, einschließlich aller Velvet-Ausgaben in der Protokolldatei. (Standard '0').
--S|hashs=i
Der anfängliche (untere) Hashwert (Standard „19“).
--e|hashe=i
Der (höhere) End-Hash-Wert (Standard: „31“).
--X|step=i
Der Schritt bei der Hash-Suche. Mindestens 2, keine ungeraden Zahlen (Standard: „2“).
--F|velvethfiles=s Der Dateiabschnitt der Velveth-Befehlszeile. (Standard '0').
--ein|amosfile!
Aktivieren Sie die Leseverfolgung und die AMOS-Dateiausgabe von Velvet. (Standard '0').
--Ö|velvetgoptions=s Zusätzliche Velvetg-Optionen zum Durchlaufen.
z.B. -long_mult_cutoff -max_abdeckung usw. (Standard '').
--T|threads=i
Die maximale Anzahl gleichzeitig auszuführender Velvet-Instanzen. (Standard '4').
--G|genomesize=f Die ungefähre Größe des Genoms, das in Megabasen zusammengesetzt werden soll.
Wird nur zur Schätzung der Speichernutzung verwendet. Wenn nicht angegeben, erfolgt die Schätzung der Speichernutzung
nicht auftreten. Wenn die Speichernutzung geschätzt wird, werden die Ergebnisse angezeigt und anschließend programmiert
Ausgänge. (Standard '0').
- k|optFuncKmer=s Die Optimierungsfunktion, die für die k-mer-Auswahl verwendet wird. (Standard 'n50').
--C|optFuncCov=s Die Optimierungsfunktion, die für die cov_cutoff-Optimierung verwendet wird. (Standard
'Lbp').
--M|minCovCutoff=f Der zu verwendende minimale cov_cutoff. (Standard '0').
--P|prefix=s
Das Präfix für die Ausgabedateinamen. Standardmäßig sind Datum und Uhrzeit im Format angegeben
TT-MM-JJJJ-HH-MM_. (Standard: „Auto“).
--D|dir_final=s Der Name des Verzeichnisses, in dem die endgültige Ausgabe abgelegt werden soll. (Standard '.').
-z|upperCovCutoff=f Der maximale Abdeckungsgrenzwert, der als Multiplikator von berücksichtigt werden soll
erwartete Abdeckung. (Standard: 0.8).
Fortgeschritten!: Optimierungsfunktion(en) ändern
Die Assembly-Optimierungsfunktion des Velvet Optimizer kann aus den folgenden Variablen erstellt werden.
LNbp = Die Gesamtzahl der Ns in großen Contigs. Lbp = Die Gesamtzahl der Basenpaare
in großen Contigs Lcon = Die Anzahl der großen Contigs max = Die Länge des längsten
Contig n50 = Die n50 ncon = Die Gesamtzahl der Contigs tbp = Die Gesamtzahl von
Basenpaare in Contigs
Beispiele sind:
'Lbp' = Nur die gesamten Basenpaare in Contigs, die länger als 1 KB sind. 'n50*Lcon' = Die n50
mal die Anzahl der langen Contigs. 'n50*Lcon/tbp+log(Lbp)' = Das n50-fache des
Anzahl der langen Contigs geteilt
durch die Gesamtzahl der Basen in allen Contigs plus dem Protokoll der Anzahl der Basen in Long
contig.
Nutzen Sie Velvetoptimiser online über die Dienste von onworks.net
