Dies ist die Linux-App mit dem Namen „Automatische Zelllinienrekonstruktion“, deren neueste Version als testData.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie die App „Automatische Zelllinienrekonstruktion mit OnWorks“ kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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Automatische Rekonstruktion der Zelllinie
BESCHREIBUNG
Aus Amat et al., Nature Methods, 2014*:
„Die umfassende Rekonstruktion von Zelllinien in komplexen mehrzelligen Organismen ist ein zentrales Ziel der Entwicklungsbiologie. Wir präsentieren ein Open-Source-Rechenrahmenwerk für die Segmentierung und Verfolgung von Zellkernen mit hoher Genauigkeit und Geschwindigkeit. Wir demonstrieren seine (1) Allgemeingültigkeit durch Rekonstruktion Zelllinien in vierdimensionalen, Terabyte großen Bilddaten von Fruchtfliegen-, Zebrafisch- und Mäuseembryonen, aufgenommen mit drei verschiedenen Arten von Fluoreszenzmikroskopen, (2) Skalierbarkeit durch Analyse fortgeschrittener Entwicklungsstadien mit bis zu 20,000 Zellen pro Zeitpunkt , bei 26,000 Zellen min-1 auf einer einzelnen Computer-Workstation und (3) Benutzerfreundlichkeit durch Anpassung von nur zwei Parametern über alle Datensätze hinweg und Bereitstellung von Visualisierungs- und Bearbeitungstools für eine effiziente Datenkuratierung. Unser Ansatz erreicht eine durchschnittliche Verknüpfungsgenauigkeit von 97.0 % über alle Arten und Bildgebungsmodalitäten hinweg.
*Bitte zitieren Sie dieses Dokument, wenn Sie diesen Code für Ihre Recherche verwenden
Publikum
Wissenschaft/Forschung, Endbenutzer/Desktop
Benutzeroberfläche
Konsole/Terminal
Programmiersprache
C ++, c
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/tgmm/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
