Dies ist die Linux-App namens bspipe, deren neueste Version als bspipe-1.3.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens bspipe mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
bspipe
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BESCHREIBUNG
BSpipe ist eine umfassende Pipeline von der Sequenzqualitätskontrolle und Kartierung bis hin zur Funktionsanalyse unterschiedlich methylierter Regionen:
(1) Bewertung der Sequenzierungsqualität,
(2) Sequenzreinigung,
(3) Sequenzlesezuordnung,
(4) Methylierungsquantifizierung,
(4) Probenvergleiche basierend auf dem Methylierungsprofil,
(5) Identifizierung von DMRs (differentiell methylierte Regionen),
(6) Annotation von DMRs,
(7) Funktionsanalyse unterschiedlich methylierter Gene,
(8) Generierung von Eingabedateien zur Visualisierung und
(9) Unterstützung für fortschrittliche Sequenzierungstechnologien wie TAB-seq, OxBS-seq, MAP-it und NOMe-seq.
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
Unix-Shell, Perl, S/R
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/bspipe/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
