Dies ist die Linux-App namens CPAT, die unter Linux online ausgeführt werden soll und deren neueste Version als Human_coding_transcripts_mRNA.fa.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens CPAT herunter und führen Sie sie online aus, um sie mit OnWorks kostenlos unter Linux online auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
CPAT zur Online-Ausführung unter Linux
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BESCHREIBUNG
Mithilfe von RNA-seq wurden Zehntausende neuer Transkripte und Isoformen identifiziert (Djebali et al. Nature, 2012, Carbili et al., Gene & Development, 2011). . Die meisten früheren Verfahren zur Vorhersage des Kodierungspotenzials beruhen jedoch stark auf dem Alignment, entweder paarweises Alignment, um nach Proteinnachweisen zu suchen, oder mehrere Alignments, um den phylogenetischen Konservierungsscore (wie CPC, PhyloCSF und RNACode) zu berechnen. Dies liegt daran, dass die meisten zuvor identifizierten Transkripte, einschließlich proteinkodierender RNA und kurzer, haushaltsüblicher/regulatorischer RNAs wie snRNAs, snoRNA und tRNA, hochkonserviert sind. Diese Ansätze sind zwar immer noch sehr nützlich, haben jedoch mehrere Einschränkungen:Die meisten lncRNAs sind weniger konserviert und neigen dazu, linienspezifisch zu sein, was die Unterscheidungskraft von Alignment-basierten Verfahren stark einschränkt. Von 550 in Zebrafischen nachgewiesenen lncRNAs hatten beispielsweise nur 29 eine nachweisbare Sequenz
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Webbasiert, Befehlszeile
Programmiersprache
Python
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/rna-cpat/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
