Dies ist die Linux-App mit dem Namen GENIE (GEne-geNe IntEraction), die online unter Linux ausgeführt werden kann und deren neueste Version als GENIE_src.tar heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens GENIE (GEne-geNe IntEraction) herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
GENIE (GEne-geNe IntEraction) zur Online-Ausführung unter Linux
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BESCHREIBUNG
Gen-Gen-Interaktion in genetischen Assoziationsstudien ist rechenintensiv, wenn eine große Anzahl von SNPs beteiligt ist. Die meisten der neuesten Central Processing Units (CPUs) haben mehrere Kerne, während Graphics Processing Units (GPUs) auch Hunderte von Kernen haben und in letzter Zeit verwendet wurden, um schnellere wissenschaftliche Software zu implementieren. Derzeit gibt es jedoch keine Softwarepakete für die genetische Analyse, die es Benutzern ermöglichen, die Rechenleistung dieser Multi-Core-Geräte für die genetische Interaktionsanalyse für binäre Merkmale vollständig zu nutzen.Hier präsentieren wir ein neuartiges Softwarepaket GENIE, das die Leistung mehrerer GPU- oder CPU-Prozessorkerne nutzt, um die Interaktionsanalyse zu parallelisieren.
Zitat: Chikkagoudar, S., Wang, K. & Li, M. (2011). GENIE: ein Softwarepaket für die Gen-Gen-Interaktionsanalyse in genetischen Assoziationsstudien unter Verwendung mehrerer GPU- oder CPU-Kerne. BMC-Forschungsnotizen, 4(1), 158.
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
C
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/gpugenie/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
