Dies ist die Linux-App namens ISVASE, deren neueste Version als ISVASE1.1.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens ISVASE mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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ISVASE
BESCHREIBUNG
Um korrekte reife mRNAs zu erzeugen, müssen die Exons identifiziert und durch den RNA-Spleißmechanismus präzise und effizient zusammengefügt werden. Es ist zu beachten, dass etwa ein Drittel oder die Hälfte aller krankheitsverursachenden Mutationen das RNA-Spleißen beeinflussen. Es gibt jedoch nur wenige bioinformatische Tools zur direkten Identifizierung von mit Spleißereignissen verbundenen Sequenzvarianten (SVASE) auf der Grundlage von RNA-seq-Daten. Wir haben ISVASE entwickelt, ein einfaches und praktisches Tool zur direkten Identifizierung von SVASE anhand von RNA-seq-Daten. Im Vergleich zur vorhandenen Software PVAAS bietet unsere Methode mehrere Vorteile, wie z. B. strenge regelabhängige Filter und statistische Filter in jedem Schritt, Erkennungssequenzvarianten für bekannte Spleißereignisse, Identifikationssequenzvarianten in zwei getrennten Teilen des Spleißvorgangs (Verbindung) und Verschiebung der Erkennungsverbindung Ereignisse, wenn bekannte Spleißanmerkungen bereitgestellt, Spleißsignale ausgewertet, mit bekannten DNA-Mutations- und/oder RNA-Bearbeitungsdaten verglichen werden und eine kurze Laufzeit vorliegt.
Eigenschaften
- Es ist das erste Tool, das mit dem Spleißereignis verbundene Sequenzvarianten sowohl für neue als auch für bekannte Spleißvarianten identifiziert.
- ISVASE identifiziert zunächst Sequenzvarianten für jede Spleißvariante und identifiziert dann Sequenzvarianten für alle zugehörigen Spleißvarianten (gleicher Verbindungsanfang oder -ende) für Vergleichsanalysen und statistische Tests.
- ISVASE identifiziert und beurteilt Sequenzvarianten für beide Teile der Verbindung separat, wodurch die Wirkung von Sequenzvarianten für verschiedene Teile der Verbindung weiter unterschieden werden kann.
- ISVASE wendet in verschiedenen Schritten mehrere strenge regelabhängige Filter und statistische Filter an.
- ISVASE berücksichtigt die Verbindungsverschiebungsereignisse und Verbindungssignale (5' ss und 3' ss), um die falschen Spleißvarianten zu entfernen.
- ISVASE kann vom Benutzer bereitgestellte DNA-Mutations- und RNA-Bearbeitungsdaten verwenden, um den Quelltyp von Sequenzvarianten zu bestimmen.
- ISVASE erhält eine flankierende Sequenz von Sequenzvarianten für die Suche nach exonischen Spleißverstärkermotiven.
- ISVASE kann die Standardsequenzvariantendatei zur Variantenannotation in eine ANNOVAR-Eingabeformatdatei konvertieren.
- ISVASE verwendet 8 Abbildungen, um die Merkmale von Sequenzvarianten im Zusammenhang mit Spleißereignissen darzustellen.
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
Perl
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/isvase/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
