Dies ist die Linux-App namens Kallisto, deren neueste Version als kallisto_windows-v0.50.0.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens Kallisto mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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Kallisto
BESCHREIBUNG
Kallisto ist ein Programm zur nahezu optimalen Quantifizierung der Transkripthäufigkeit aus RNA-Seq-Daten oder allgemeiner von Zielsequenzen mithilfe von Hochdurchsatz-Sequenzierungs-Reads. Es basiert auf der Idee, Pseudoalignment zu verwenden, um die Kompatibilität von Lesevorgängen und Zielen schnell zu bestimmen, ohne dass eine Ausrichtung erforderlich ist.
Laut Benchmarks, die auf einem Mac-Desktop-Computer durchgeführt wurden, kann Kallisto 30 Millionen menschliche Bulk-RNA-Seq-Reads in weniger als 3 Minuten allein mit den Lesesequenzen und einem Transkriptomindex quantifizieren, dessen Erstellung allein mehr als 10 Minuten dauern kann. Und da es Pseudoalignment verwendet, ist es robust gegenüber Lesefehlern und bewahrt die für die Quantifizierung erforderlichen Schlüsselinformationen. Dadurch ist Kallisto nicht nur schnell, sondern auch hochpräzise. In vielen Benchmarks übertrifft es bestehende Tools sogar deutlich.
Eigenschaften
- Verwendet Pseudoalignment
- Schnell und genau
- Quantifizierte Bulk-RNA-Seq kann mit Sleuth analysiert werden
- Kann mit Bustools verwendet werden, um Einzelzell-RNA-Seq-Daten vorzuverarbeiten
Programmiersprache
C
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
