Dies ist die Linux-App mit dem Namen kSNP, deren neueste Version als kSNP4.1-source-code.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens kSNP mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
kSNP
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BESCHREIBUNG
kSNP4 identifiziert die Pan-Genom-SNPs in einer Reihe von Genomsequenzen und schätzt auf der Grundlage dieser SNPs phylogenetische Bäume. Die SNP-Erkennung basiert auf der k-mer-Analyse und erfordert kein Mehrfachsequenz-Alignment oder die Auswahl eines Referenzgenoms, sodass kSNP4 Hunderte mikrobieller Genome als Eingabe verwenden kann. Ein SNP-Locus wird durch ein Oligo der Länge k definiert, das ein zentrales SNP-Allel umgibt. kSNP100 kann sowohl vollständige (fertige) Genome als auch unfertige Genome in zusammengesetzten Contigs oder rohen, nicht zusammengesetzten Lesevorgängen analysieren. Fertige und unvollendete Genome können gemeinsam analysiert werden, und kSNP kann Genbank-Dateien der fertigen Genome automatisch herunterladen und die Informationen in diesen Dateien in die SNP-Annotation integrieren.
Für die Nutzung von kSNP4 sind keine Programmierkenntnisse erforderlich
Gardner, SN und Hall, BG 2013. . PLUS EINS, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak und BG Hall. 2015 Bioinformatics 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatics/btv271
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/ksnp/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
