Dies ist die Linux-App namens metawatt, deren neueste Version als MetaWatt-3.5.3.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens metawatt mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
Ad
Metawatt
BESCHREIBUNG
Der Metawatt-Binner ist ein grafisches Binning-Tool, das multivariate Statistiken von Tetranukleotid-Frequenzen und differenzielles Coverage-basiertes Binning verwendet. Es führt auch eine taxonomische Bewertung der Binning-Qualität durch (über Diamond BLASTx). Erstellte Bins können bearbeitet und als Fasta exportiert werden. Das Metawatt ist in Java SWING implementiert und hängt minimal von Diamond, HMMer3.1, BBMap, Prodigal und der Batik-Bibliothek für den Export von SVG-Grafiken ab.
Zitat: Strous M, Kraft B, Bisdorf R, TegetMeyer H (2012)Das Binning metagenomischer Contigs für die mikrobielle Physiologie von Mischkulturen. Frontiers in Microbial Physiology and Metabolism 3:410. doi: 10.3389/fmicb.2012.00410
Eigenschaften
- Kombiniertes Tetranukleotid- und Differential-Coverage-Binning von metagenomischen Contigs
- Grafische Benutzeroberfläche zur Datenexploration
- Taxonomische Profilerstellung von Behältern mit Diamond Blast
- Nachweis konservierter Single-Copy-Gene
- Phylogenetisches Treeing von Bins basierend auf konservierten Genen
- Interaktive GC/Coverage- oder Coverage/Coverage-Plots
- Läuft auch vollautomatisch auf der Kommandozeile
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Java-Schaukel
Programmiersprache
Javac
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/metawatt/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
