Dies ist die Linux-App namens MethylExtract, deren neueste Version als MethylExtract.tgz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens MethylExtract mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
MethylExtrakt
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BESCHREIBUNG
MethylExtract ist ein benutzerfreundliches Tool zur Erstellung i) hochwertiger Methylierungskarten für das gesamte Genom und ii) zur Erkennung von Sequenzvariationen innerhalb derselben Probenvorbereitung. Das Programm ist in einem einzigen Skript implementiert und berücksichtigt alle wichtigen Fehlerquellen: Sequenzierungsfehler, Bisulfitfehler, klonale Lesevorgänge und einzelne Nukleotidvarianten. MethylExtract erkennt Variationen (SNVs – Single Nucleotide Variation) auf ähnliche Weise wie VarScan, eine sehr empfindliche Methode, die häufig bei SNP- und Genotyp-Calling auf der Grundlage nicht mit Bisulfit behandelter Lesevorgänge verwendet wird.
Eigenschaften
- Methylierung und SNV-Calling aus NGS BS-Seq-Experimenten
- Erkennt und entfernt potenzielle PCR-Duplikate
- Mutmaßliche Bisulfit-Fehlererkennung
- Kontrolle von Sequenzierungsfehlern
- Statistische Bisulfit-Versagensbewertung
- Verarbeitung von Bisulfit-SAM/BAM-Dateien
- Multithreading und Speichersteuerung
Programmiersprache
Perl
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/methylextract/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
