Dies ist die Linux-App mit dem Namen MspJI-seq_pipeline1.0, deren neueste Version als Pipeline1.0.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens MspJI-seq_pipeline1.0 mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
MspJI-seq_pipeline1.0
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BESCHREIBUNG
MspJI-seq_pipeline1.0 ist eine Pipeline für die MspJI-verdauende Sequenzierung in DNA-Methylierungsstudien. Modifikationsabhängiger Restriktionsendonuklease-MspJI-Verdau in Verbindung mit Next-Generation-Sequenzierung könnte den Methylierungszustand der "CNNR"-Cytosin-Lokation im Genom durch Kartierung von Hochdurchsatz-Reads auf die Referenzsequenzen abschätzen. MspJI-seq_pipeline1.0 wurde als universelles Mapping-Programm entwickelt, um diese speziellen Eigenschaften von MspJI-seq zu handhaben. Sein Alignment basiert auf dem Open-Source-Programm SOAP (Short Oligo Alignment Program), und die Erkennung von mCNNR-Sites wird durch reguläre Ausdrücke in Perl durchgeführt.
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
Perl
Datenbankumgebung
Flachdatei
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/mspjiseqpipelin/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
