Dies ist die Linux-App namens RASPnmr zur Ausführung unter Linux online, deren neueste Version als RASP-0.1.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens RASPnmr herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
RASPnmr zur Online-Ausführung unter Linux
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BESCHREIBUNG
RASP verwendet strukturbasierte Vorhersagen der chemischen Verschiebung, um das Problem der Rückgratresonanzzuordnung in der Protein-NMR-Spektroskopie zu lösen. Dies ermöglicht eine schnelle Bestimmung hochgenauer Zuordnungen auf Basis minimaler experimenteller Datensätze, selbst für spektroskopisch anspruchsvolle Proteine.RASP verwendet als Eingabe Spinsysteme, die auf der Grundlage eines beliebigen Satzes konventioneller Dreifachresonanz-NMR-Experimente aufgebaut sind. Einzigartig ist, dass RASP selbst in Abwesenheit von Informationen über die chemische Verschiebung von Cbeta zu umfangreichen Zuordnungen in der Lage ist: Über einen Testsatz von 154 Proteinen weist RASP 88 % der Reste mit einer Genauigkeit von 99.7 % zu, wobei nur Informationen verwendet werden, die aus den HNCO- und HNCA-Spektren verfügbar sind.
RASP wird hier beschrieben:
MacRaild und Norton (2014) RASP: Schnelle und robuste chemische Verschiebungszuordnungen des Rückgrats von der Proteinstruktur. J Biomol NMR doi:10.1007/s10858-014-9813-7
Publikum
Wissenschaft/Forschung, fortgeschrittene Endbenutzer
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
Python
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/raspnmr/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
