Dies ist die Linux-App namens rRNAFinder, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als rRNAFinder-v1.1.1.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens rRNAFinder herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
rRNAFinder zur Online-Ausführung unter Linux
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BESCHREIBUNG
rRNAFinder ist ein kleines Perl-Softwarepaket, das zur automatischen Vorhersage und Klassifizierung der Ribosomen-RNA-Gene unter Verwendung der zusammengesetzten Genom-/Metagenom-Contigs als Eingabe verwendet werden kann. Die Software wurde nur auf dem Linux-Betriebssystem getestet.Das im Paket enthaltene Programm „rRNAFinder.pl“ verwendet das Nhmmer-Programm, das in den Datenbanken arc.hmm, bac.hmm und euk.hmm sucht, um rRNA-Gene aus den Eingabe-Contigs zu identifizieren. Zu den vorhergesagten rRNA-Genen gehören die 16S-, 18S-, 23S-, 28S-, 5S- und 5.8S-rRNA-Gene.
Das Programm „rna2taxon.pl“ akzeptiert die oben generierten rRNA-Gensequenzen im Fasta-Format als Eingabe, um die taxonomischen Zuordnungen für die Eingabegene zu erstellen. Die eingegebenen rRNA-Gensequenzen werden mithilfe von Blastn anhand der heruntergeladenen und neu formatierten SILVA SSU- und LSU-Datenbanken durchsucht.
Weitere Informationen finden Sie in der Datei README.md im rRNAFinder GitHub-Repository unter https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder Anweisungen zum Konfigurieren und Ausführen von rRNAFinder finden Sie hier
Eigenschaften
- Vorhersage von rRNA-Genen (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s rRNA-Gene)
- Taxonomische Zuordnung der vorhergesagten rRNA-Gene mithilfe der Blastn-Suche anhand der Datenbanken SILVA SSU und LSU
- Schnell und kann mehrere CPU-Threads verwenden
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
