Dies ist die Linux-App namens SnowyOwl, deren neueste Version als SnowyOwl-2.0.3.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens SnowyOwl mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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Schneeeule
BESCHREIBUNG
SnowyOwl ist eine Genvorhersage-Pipeline, die RNA-Seq-Daten verwendet, um zu trainieren und Hinweise für die Generierung von auf dem Hidden-Markov-Modell (HMM) basierenden Genvorhersagen bereitzustellen und die resultierenden Modelle auszuwerten. Die Pipeline wurde validiert und optimiert, indem ihre Vorhersagen mit manuell kuratierten Genmodellen in drei Pilzgenomen verglichen wurden. Die Ergebnisse zeigen erhebliche Steigerungen der Empfindlichkeit und Selektivität im Vergleich zu früheren Genvorhersagen. Die Sensitivität wird durch wiederholtes Ausführen des HMM-Genprädiktors Augustus mit unterschiedlichen Eingabeparametern und die Selektivität durch die Auswahl der Modelle mit der besten Homologie zu bekannten Proteinen und der besten Übereinstimmung mit den RNA-Seq-Daten erreicht. SnowyOwl hat Gene in 26 neuartigen Pilzgenomen erfolgreich vorhergesagt.
Die Pipeline kann für einen hohen Durchsatz und Kontrolle über die Konfiguration lokal installiert werden. Für den gelegentlichen Gebrauch kann es auch über eine praktische Weboberfläche auf einem Remote-Server ausgeführt werden.
Eigenschaften
- Genvorhersage mithilfe von RNA-Seq-Daten
- Hohe Sensitivität und Spezifität
- Pipeline optimiert und validiert mit manuell kuratierten Genmodellen
- Sehr konfigurierbar
- Standardkonfiguration für Ascomyceten- und Basidiomyceten-Pilze
- Für Kontrolle und Flexibilität lokal installieren und ausführen
- Führen Sie die Funktion bequem über eine Webschnittstelle aus der Ferne aus
Publikum
Wissenschaft/Forschung, fortgeschrittene Endbenutzer
Benutzeroberfläche
Webbasiert, Befehlszeile, GTK+
Programmiersprache
Python, PHP
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/snowyowl/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
