Dies ist die Linux-App namens SSC, deren neueste Version als SSC0.1.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens SSC mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SSC
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BESCHREIBUNG
SSC ist ein Werkzeug zur Vorhersage der sgRNA-Effizienz anhand von Spacer-Sequenzen. Es unterstützt die Anwendungen zur Optimierung von sgRNA-Bibliotheken in CRISPR/Cas9-Knockout- oder CRISPR/dCas9-Inhibitions-/Aktivierungsscreens.Eigenschaften
- Extrahieren der möglichen Spacer-Sequenzen aus der .fasta-Datei
- Sagen Sie die sgRNA-Effizienz anhand der Spacer-Sequenzen für das Bibliotheksdesign beim CRISPR/Cas9-Knockout und der CRISPR/dCas9-Hemmung oder -Aktivierung vorher.
- Bereitstellung von Matrizen, die Folgendes unterstützen: 19–20 bps Spacer im CRISPR/Cas9-Knockout, optimiert für das Genom von Mensch und Maus.
- Bereitstellung von Matrizen, die Folgendes unterstützen: 19-21-bps-Spacer in CRISPR/dCas9, optimiert für das menschliche Genom.
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/spacerscoringcrispr/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
