Dies ist die Linux-App namens SUPERmerge, deren neueste Version als SUPERmerge.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App mit dem Namen SUPERmerge with OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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SUPERverschmelzen
BESCHREIBUNG
SUPERmerge ist ein ChIP-seq-Read Pileup-Analyse- und Annotationsalgorithmus zur Untersuchung von Alignment-Dateien (BAM) von ChIP-seq-Datensätzen mit diffuser Histonmodifikation mit breiten Chromatindomänen auf einem einzelnen Basenpaar-Auflösungsniveau. SUPERmerge ermöglicht die flexible Regulierung einer Vielzahl von Read-Pileup-Parametern und zeigt so auf, wie sich Read-Inseln zu Abdeckungsbereichen im gesamten Genom zusammenschließen und welchen Annotationsmerkmalen sie innerhalb einzelner biologischer Replikate zugeordnet werden. SUPERmerge ist besonders nützlich für die Untersuchung von ChIP-seq-Experimenten mit geringer Stichprobengröße, bei denen epigenetische Histonmodifikationen (z. B. H3K9me1, H3K27me3) zu inhärent breiten Peaks mit einem diffusen Signalbereich führen, der mehrere aufeinanderfolgende genomische Loci und annotierte Merkmale umfasst.
Eigenschaften
- ChIP-seq
- Epigenetik
- Bioinformatik
- Computational Biology
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
C
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/supermerge/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
