Dies ist die Linux-App namens Transcriptome Assembly ORA, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als saccharomyces_cerevisiae_3Mreads_ordered.sam.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens Transcriptome Assembly ORA herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
Transkriptom-Assembly ORA zur Online-Ausführung unter Linux
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BESCHREIBUNG
Software zur referenzbasierten Transkriptom-Rekonstruktion. Es führt eine Rekonstruktion ausgehend von kurzen Lesevorgängen durch, die aus der RNA-Sequenz stammen. Es eignet sich am besten für die Verwaltung der Transkriptome niederer Eukaryoten mit einer geringen Anzahl von Introns pro Gen und kann auch für Prokaryoten verwendet werden.Es benötigt eine SAM-Datei mit den auf das Referenzgenom ausgerichteten Lesevorgängen und (optional) eine GFF-Datei mit der Position der Gene auf dem Referenzgenom.
Es liefert als Ausgabe die Positionen der identifizierten Transkripte, die Namen der Transkripte basierend auf den in der GFF-Datei vorhandenen Genen und die Größe der UTR-Regionen.
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
Perl
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/transcriptomeassemblyora/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
