Dies ist die Windows-App namens BBMap, deren neueste Version als BBMap_39.03.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens BBMap mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
SCREENSHOTS
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BBMap
BESCHREIBUNG
Dieses Paket enthält BBMap, einen Short Read Aligner sowie verschiedene andere bioinformatische Tools. Es ist in reinem Java geschrieben, kann auf jeder Plattform ausgeführt werden und weist außer der Installation von Java keine Abhängigkeiten auf (kompiliert für Java 6 und höher). Alle Tools sind effizient und multithreaded.
BBMap: Kurzer Lese-Aligner für DNA- und RNA-seq-Daten. Kann beliebig große Genome mit Millionen von Gerüsten verarbeiten. Behandelt Illumina, PacBio, 454 und andere Lesevorgänge; sehr hohe Empfindlichkeit und Fehlertoleranz und zahlreiche große Indels. Sehr schnell.
BBNorm: Kmer-basiertes Fehlerkorrektur- und Normalisierungstool.
Deduplizierung: Vereinfacht Assemblys durch Entfernen doppelter oder enthaltener Teilsequenzen, die eine Zielprozentidentität gemeinsam haben.
Neuformatierung: Neuformatierung liest zwischen fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, interleaved/paired und ASCII-33/64 mit über 500 MB/s.
BBDuk: Filtert, trimmt oder maskiert Lesevorgänge mit KMER-Übereinstimmungen mit einer Artefakt-/Kontaminantendatei.
...und mehr!
Eigenschaften
- Reines Java, läuft auf jeder Plattform; bereits kompiliert, einfach entpacken und ausführen.
- Schnell, effizient und multithreaded.
- Nutzungsinformationen, die beim Ausführen eines Shellscripts ohne Parameter angezeigt werden.
- Höchste Empfindlichkeit aller Short-Read-Aligner.
- Einfach zu installieren – einfach entpacken/entpacken.
- Einfach zu verwenden. Beispiel: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- Verarbeitet alle gängigen Formate: Fasta, Fastq, Sam, Scarf, Fasta+Qual, ASCII-33, ASCII-64, Gzip.
- Wird vom Joint Genome Institute verwendet.
- BB steht für Bestus Bioinformaticus.
- Eine praktische FAQ finden Sie hier: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Konsole/Terminal
Programmiersprache
Javac
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/bbmap/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
