Dies ist die Windows-App mit dem Namen fcGENE: Genotype Format Converter, deren neueste Version als fcgene-1.0.7.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens fcGENE: Genotype-Formatkonverter mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
SCREENSHOTS
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fcGENE: Genotype-Formatkonverter
BESCHREIBUNG
Die Hauptanwendung ist zweifach: erstens die Umwandlung von Genotyp-SNP-Daten in Formate verschiedener Imputationstools wie PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE und BIMBBAM, zweitens die Umwandlung von imputierten Daten in verschiedene Dateiformate wie PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT und SNPTEST.Lesbare Dateiformate: plink-pedigree (ped und map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle und bimbam. Ebenso werden alle Arten der Imputation von Outputs akzeptiert.
Formate die von fcGENE erzeugt werden können: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs und bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
Weitere Anwendung:
-?Beziehen von Vorlagen der notwendigen Imputationsbefehle und Befehle anderer Imputationstools
- Qualitätskontrolle nach MAF, HWE & CALLRATE.
Schlüsselwörter: Genotyptransformation, Genotypformat konvertieren, Imputationsausgabe, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM,EIGENSOFT.
Eigenschaften
- kann SNP-weise und individuelle Qualitätskontrollen durchführen und disqualifizierte SNPs und Einzelpersonen filtern, während Daten transformiert werden
- kann eine Zwei-Wege-Formatkonvertierung von Genotyp-SNP-Daten durchführen (zB PLINK -> Imputationstool und Imputationstools -> PLINK) . Es kann sowohl plink-formatierte Stammbaum- als auch Binärdateien lesen und schreiben
- kann unterstellte SNPs auf der Grundlage des Imputationsqualitätsfaktors filtern
- kann Vorlagen von Befehlen generieren GWA-Analysetools
- konvertiert die Genotypdaten aus dem Format eines Imputationstools in ein anderes.
- Transformation von Imputationsreferenzen in das plink-Format. Dies hilft, Genotypdaten mit dem Referenzpanel zu vergleichen.
- kann snp-Daten im GenABEL-Format aus den ursprünglich in verschiedenen anderen Formaten angegebenen Daten erstellen
- kann unterschiedlich formatierte Dateien erzeugen, die die erwartete Dosis mit geringer Allelfrequenz enthalten
- sehr hilfreich für Forscher, die auf dem Gebiet der statistischen Genetik arbeiten.
- geschrieben in c++, Verwendung von STL-Containern
- kann gezippte Dateien lesen und schreiben
- kann FST mit dem Befehl --fst berechnen
- kann Standard-Genotypdaten mit Allelzahlen und Alleldosen lesen und schreiben
- kann Dateien im vcf-Format erstellen, die für BEAGLE4 verwendet werden
Programmiersprache
C + +
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/fcgene/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
